国民党2008年大选提名人马英九，在台北市长八年任期结束前几个月，遭绿营人士质疑，市长特别费运用失当，检方调查后发现，相关款项不但疑似报假帐，马英九还涉嫌贪污，因此在2007年农历春节前，以贪污罪嫌将马英九提起公诉。

2006年8月起，泛蓝阵营质疑陈水扁家族涉及一连串弊端，台湾社会一股要陈水扁下台的声浪快速凝聚，同一时间，绿营人士也对被视为蓝营共主的马英九提出质疑。

民进党立刻向台湾高等检察署提出控告，同年11月14日，检方约谈马英九到案说明。

结束四个多小时约谈后，马英九不发一语、驱车离去，随后藉由跟外籍媒体会面的场合，强调清白。

即使遭约谈，马英九都还认为他的市长特别费，从支领到运用完全合法，但不到24小时，台北市政府内部调查却发现，承办人员因为贪图作业简便，将两千多张小额单据，换成大额单据核销，造成支出内容与核销发票不符。

这起案件在台湾政坛喧扰半年多，2007年2月13日下午，检方宣布全案侦查终结，认定马英九以职务之便，在八年市长任期内，涉嫌诈领一千一百多万特别费，检察官以贪污罪嫌起诉马英九，但考量马英九捐出千万台币做为公益，并未具体求刑。

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