此后，詹启贤负责的策略小组从未实际运作，紧急应变小组改由国民党秘书长吴敦义主导，金吴关系密切，詹仿佛局外人。选前三月十二日，发生四国民党“立委”到谢总部踢馆事件时，詹启贤力劝马英九在第一时间道歉，金则认为马不需要立刻跳到道歉，因为是“立委”的个人行为，两人更形紧张。

随着马萧胜选，詹启贤一再被传闻内定“行政院副院长”、“总统”府秘书长，但没多久，部分媒体就被“善意”提醒:“詹启贤的位子不会那么高！”当时就已出现不寻常气氛。不多久，党内释出“竞选团队不入阁”，并批评詹启贤“抢位子”，令詹启贤很寒心。

熟悉总部运作的人士感慨，詹、金两人行事风格不同，金溥聪护马心切，却未必与一般民意、甚至社会观感相符。詹启贤多次在内部会议提醒，这不是马英九一个人的事，是“国家”的事。特别是思考事务不能只从台北菁英观点出发，还要照顾社会观感，特别是中南部民众的观感。许多竞选决策歧见因此而生。

而詹启贤从选前选后，对自己在马营中的处境深为了解，也不讳言和友人提到，“你知道，内部许多人不是对我这么接纳。”

刘兆玄出线后，马英九、萧万长、刘兆玄近日多次磋商府院高层人事，萧推荐詹启贤出任“副阁揆”，最后却传出刘兆玄有自己的口袋人选，是一名具财经背景、并与刘“交情很好，理念契合”的前“阁员”。经多日协调，詹启贤接任“副阁揆”无望。

詹启贤前天知道结果后，自觉难以发挥长才，离去心意已定，昨日上午向马英九、萧万长报告说明辞意，马萧极力慰留，但詹启贤去意甚坚，还是留不住人，詹启贤中午写完声明之后，随即发出这封震撼全党的声明。

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