曾受陈水扁打压

此次谢长廷赢得“四大天王”的“总统候选人”争夺战后，岛内媒体纷纷猜测其获胜原因。有分析认为：在长期的“长扁之争”中，谢长廷一再忍让，陈水扁反而一路压制，而且出手太狠，让民进党的基层党员为谢长廷抱不平，于是纷纷把票投给了他。在“总统”初选中请辞的“劳委会”主委李应元说：“民进党欠谢长廷一个公道，初选结果不过是民进党终于还了他‘一个公道’。”

1994年，“长扁之争”因争取参选台北市长而白热化。7月17日，谢长廷带着家人来到台北县乌来云仙乐园住了一晚，似乎突然间悟出了什么，很快决定退出，并出任陈水扁的竞选总干事，卖力地帮助陈水扁竞选。最后，陈水扁顺利当上台北市长，开启了民进党的“陈水扁时代”。

但谢长廷“识大体”的举动并未打动陈水扁。2002年，陈水扁为了使自己能兼任党主席，以一席“各界期待谢主席更上层楼，但谢主席与高雄市民有约”的谈话，让谢长廷再次“以大局为重”，选择固守高雄这一“南方重镇”。

2004年，陈水扁险胜连任时，一共只领先连战和宋楚瑜不到3万票，但在谢长廷负责助选的高雄市，陈水扁得票数领先连宋10万票，远超过8万票的目标，也远远超过市长谢长廷自己的选战成绩。但陈水扁在论功行赏时，却没有谢长廷的份。2004年底“立委”选举，谢长廷再次在高雄市为民进党胜选立下“汗马功劳”，这才于2005年1月终于担任了“行政院长”。

而陈水扁对担任了“行政院长”的谢长廷仍丝毫不留情面。桃园县缺水问题气得陈水扁一肚子火， 为桃园供水的石门水库经常干涸。2005年8月21日，坐在飞往基隆彭佳屿的直升机上，陈水扁脸色铁青地数落着谢长廷：“没用心啦，就是没用心！如果用心了，高雄市的爱河都能做好，台北市的基隆河也能做好，为什么桃园的石门水库就做不好？道理很简单嘛，就是没用心啦。”随行人员面面相觑，大气都不敢出。谢长廷则瘪着嘴，一言不发。

但谁也没料到，陈水扁的狂骂竟没完没了。当天下午巡视石门水库时，怒火未消的陈水扁，当着众人的面，高声怒道：“行政院长是干什么吃的？”让一旁的谢长廷颇为尴尬。有媒体分析，“谢长廷面对的，已不是‘下不了台’的难堪，而是一个不小心就会‘提早下台’的命运。”果不其然，谢长廷位子还没坐热，就被陈水扁借机一脚踹了下去。2006年1月17日，谢长廷宣布辞去“行政院长”职务。

辞职后第二天，谢长廷便在自己的个人网站上发文说：“卸任后有点不太习惯：没有专车，只能打出租车；上市场买菜，买青菜的时候总不忘多要两棵葱；在家中打扫卫生，拿着拖鞋打蟑螂。”更惨的是，“行政院”还要谢长廷还回多领的7万余元（台币）“院长”薪水。因为谢长廷于25日交接工作，当值未满一个月，需要扣除7天的工资。

仓皇下台的谢长廷屡屡感到栖息在“阿扁枝头”的难堪，最终决定“走自己的路”，声称“要和人民站在一起，再创自己的政治辉煌”。

随后，他到美国哈佛大学当访问学者。其间正好碰到马英九到哈佛访问，眼见众人热烈欢迎马英九，谢长廷深受刺激，便跑过去搅局，用英语告诉那些国际媒体，“马英九是‘亲中轻台’”。谢长廷的举动，使民进党重新意识到了他的存在。