剧本原名《海瑞》。在几次彩排过程中，不少人提出，剧本题目太大，缺乏戏味，高潮不突出。这年夏天，吴晗邀请史学和戏剧界的知名人士讨论《海瑞》剧本。会上谈得很热烈，大家都提出剧名应改，可加“罢官”二字。还说海瑞令乡官退田的事，舞台上不好表现，缺乏戏剧性，不如把平冤狱作为主线，退田作为副线。另外，戏的结尾写海瑞罢官离任，使人看了灰溜溜的。建议删去几场戏，让海瑞斩了徐瑛，然后交印，以罢官结束。恰好这时，吴晗的老友、著名植物学家蔡希陶出国考察回来途经北京，他在吴晗家读了《海瑞》剧本，也认为剧名应该加上“罢官”两字。他立即大笔一挥，在封面上的“海瑞”两字之后写上了“罢官”。吴晗欣然接受。在1960年底再次彩排时，剧名已改为《海瑞罢官》。为了进一步征求意见，吴晗还把脚本送给市委领导同志征求意见。彩排过程中，吴晗还请文化部领导前来观看演出，又给民盟中央领导送戏票，让大家提意见。大家看后一致认为这是一出切中时弊的好戏。《海瑞罢官》从动笔到写成，七易其稿。吴晗作为一个京剧的地道外行，能写成这个剧本，确实煞费苦心。

《海瑞罢官》剧本于1961年1月在《北京文艺》上发表。剧情是这样的:明朝松江府华亭县著名乡官徐阶的三子徐瑛，在家乡仗势霸占民田，气死农民赵玉山的独子。他又在清明节抢走赵玉山的孙女赵小兰，毒打赵玉山。赵小兰的母亲洪阿兰到县衙告状，县官王明友庇护徐家，不予受理。正在这时，海瑞当了应天巡抚（江南巡抚）。他身着便服，从南京到苏州就任抚台。一路上，他听到了徐瑛的案情和当地人民被徐阶一家欺压鱼肉的冤情。到任以后，海瑞不顾徐阶对他有过救命之恩，决心平反冤狱。经过同徐阶以及地方官的反复较量，海瑞为百姓申了冤，判处徐瑛死刑，并要徐阶退出强占的民田。徐阶贿赂朝廷官员，清正廉洁的海瑞反被扣上“鱼肉”乡官的罪名，罢了官。但是海瑞在交印之前，终于处死了徐瑛，最后举印结束。全剧通过海瑞同恶势力的斗争，表现了他为民伸张正义的刚直不阿精神。

在剧本发表同时，《海瑞罢官》由北京京剧团公演。剧中人海瑞那种敢于为民请命，不怕丢官罢职的精神，使观众深受感动。毛泽东听说这个戏公演也很高兴，在家里接见了扮演海瑞的马连良。毛泽东同他一起吃饭，请他当场演唱海瑞，还说:“戏好，海瑞是好人！《海瑞罢官》的文字写得也不错。”马连良回来告诉吴晗。吴晗听了非常高兴。马连良也兴奋地写了两篇文章《〈海瑞罢官〉演出杂感》、《从海瑞谈到“清官”戏》，谈他扮演海瑞的体会。廖沫沙以“繁星”笔名写了一篇《史和戏--贺吴晗的〈海瑞罢官〉演出》，发表在《北京日报》上。文中说:吴晗写“海瑞罢官”，开始“破门而出了”，“这就很难得，是个创造性的工作”。史学家侯外庐以“常谈”笔名撰文《从“兄弟”谈到历史剧的一些问题》，表示“佩服吴晗破门的精神，海瑞一剧是有收获的，我祝他从破门起，步入堂奥”。文化界、学术界的许多人都称赞吴晗破门而出写了这出京剧。