继设外务部之后，光绪二十九年七月（1903年9月）下谕增设商部,内设保惠、平均、通艺、会计等4司及司务所等机构。在长期重农抑商的中国设立商部确是一大变化。光绪三十一年九月(1905年10月)，下谕设立巡警部,内设警政、警法、警保、警学、警务等5司。同年十一月(1905年12月)又下谕，"停科举以广学校"设立学部,内设总务、专门、普通、实业、会计等4司和若干视学官。增设的各部均设尚书1人,左右侍郎、左右丞、左右参议各1人。

预备立宪与官制的调整和改革

光绪三十一年六月(1905年7月)为了抵制日益高涨的民主革命运动,并拉拢资产阶级立宪派,以摆脱政治上的困境,清王朝派载泽等5大臣分赴东西洋各国考察政治,以便"择善仿效"。同年十月设立考察政治馆，研究各国政治与中国体制相宜者，纂订成书，随时呈进。光绪三十二年六月(1906年8月)，载泽等5大臣考察欧美、日本回国后奏请立宪。载泽在奏折中提出,立宪可使皇位永固,外患渐轻，内乱可弥。并说明"今日宣布立宪，不过明示宗旨为立宪预备。至于实行之期，原可宽立年限"。这一意见受到慈禧的赏识。同年七月清政府宣布仿行宪政，提出立宪的原则是"大权统于朝廷,庶政公诸舆论",强调预备立宪先从"厘定官制"入手。随后派要员裁定中央官制，对中央机关进行了调整。内阁、军机处照旧,各部院调整为:外务部、吏部、民政部(巡警部改)，度支部(户部改,财政、税务两处并入)，礼部(太常、光禄、鸿胪三寺并入),陆军部(兵部改，练兵处、太仆寺并入)，法部（刑部改），农工商部(工部并入商部),邮传部（新设,专管轮船、铁路、电线、邮政方面的工作），理藩部(理藩院改)。各部均只设尚书1人,侍郎2人，承政厅设左、右丞,参议厅设左、右参议。各部尚书均为参预政务大臣。大理寺改为大理院专司审判。都察院改设都御史1人，副都御史2人。六科给事中改为给事中。宗人府、翰林院、钦天监、銮仪卫、太医院、各旗营、侍卫处、步军统领衙门、顺天府、仓场衙门，均保留不变。

光绪三十三年五月(1907年7月),清政府又下谕改革地方官制,决定在东三省先行开办,然后逐步推广。地方官制改革主要内容有：①各省在督抚下设布政司、提学司和提法司(提刑按察司改)，劝业道和巡警道（两道均为新设）。布政司掌管户口财赋，考核地方官吏。提学司主管教育行政。提法司主管司法行政，监督各级审判厅，调度检察事务。劝业道专管全省农工商及交通、驿传事务。巡警道专管全省巡警、消防、户籍、营缮、卫生事务。后部分省还设有交涉使司，办理公众交涉事务。②规定督抚衙门幕职的设置。督抚衙门内设秘书员 1人，以及交涉、吏、民政、度支、礼、学、军政、法、农工商、邮传等科,各科设参事员1人。秘书员、参事员均不作为官缺,由督抚自行徵辟,办事得力者，督抚可随时保荐，以备简擢。③司法与行政分立。各省设高等审判厅、地方审判厅和初级审判厅三级审判机关，分别受理诉讼及上诉案件。④守道和巡道一律裁撤，酌留兵备道。

设立资政院与谘议局　光绪三十二年九月（1906年11月），裁定中央官制的上谕中提出应增设资政院。次年八月(1907年9月),下谕设立资政院以立议院基础。光绪三十四年六月(1908年7月)至宣统元年七月（1909年8月）,陆续公布资政院院章。资政院设正、副总裁各1人，秘书长 1人。总裁以王公大臣著有勋劳通达治体者，由皇帝特简充任。副总裁以三品以上大员著有才望学识者，特简充任。秘书长由正、副总裁遴保请旨简放。资政院议员有民选和钦选两种，定额各100名（后实选各98名）,任期均为3年。民选议员由各省谘议局议员互推;钦选议员又分：宗室王公世爵、满汉世爵、外藩王公世爵、宗室觉罗、各部院衙门官、硕学通儒、纳税多额者七类。正副总裁、秘书长虽非议员，但因实际主持院务及会议，实属钦选范畴。资政院有权议决国家岁出入预算、决算事件,税法及公债事件,新订法典及嗣后修改事件，以及其余奉特旨交议事件。资政院没有制定和修改宪法的权力，不具国会性质。掌握行政实权的内阁对资政院不负任何责任。资政院的会议分常年会议与临时会议。常年会议每年1次,会期3个月。临时会议无定次,每次以 1个月为准。临时会议由总裁、副总裁或过半数议员的陈请，候特旨召开,宣统三年六月(1911年7月)改为只能由皇帝特旨召开。资政院设秘书厅，在秘书长领导下掌管文牍、会计、会议记录及一切庶务工作。

光绪三十三年九月(1907年10月)，谕各省督抚在省会设谘议局。次年六月(1908年7月),清政府颁布了《各省谘议局章程》及《谘议局议员选举章程》。至宣统元年九月(1910年10月)各省谘议局(除新疆缓办外)均开局议事。"谘议局钦遵谕旨为各省采取舆论之地，以指陈通省利病，筹计地方治安为宗旨"。谘议局议员名额比照科举考试录取名额和漕粮数目确定。议员采取复选举法选任,即先由"合格选举人"选出"选举议员人",再由这些人选举出议员,议员任期3年。合格选举人的条件是：凡属本省籍贯年满25岁的男子，并曾在本省办教育或公益事业3年以上著有成绩者,中学毕业或举贡生员出身者；曾任文官七品或武官五品未被参革者；在本省有5000元以上营业资本或不动产者。合格选举人在总人口的比例中很低，如较高的山西省占0.5％,江苏省只约占0.18％。谘议局设议长、副议长各1人,常驻议员若干人，均由议员互选。谘议局设办事处，处理文牍、会计及一切庶务。办事处设书记长 1人、书记4人,由议长选请督抚委派。谘议局的职权有:①议决本省应兴应革事件;②议决本省预算决算、税法公债及增加负担事件；③议决本省单行规程之增删及权利之存废事件；④选举资政院议员；⑤申复资政院、督抚谘询事件；⑥公断和解本省自治会争议、收受自治会及人民陈请事件。谘议局的会议，常年会每年 1次，会期40天，必要时可召开临时会，一般为20天。谘议局议定可行事件须呈候督抚公布施行，采纳与否全凭督抚,如谘议局与督抚意见不一致,由督抚将全案咨送资政院以待决定；而资政院议决事件均须请旨裁夺，予夺之权操在皇帝手中。督抚认为谘议局议事越权不听劝告,就可下令停止会议;认为议决事件有"轻蔑朝廷"、"妨害国家治安"时，督抚得奏请解散。