1840年鸦片战争后，中国由封建社会逐步沦为半殖民地半封建社会,内外矛盾重重,清王朝为了维护其统治，被迫对官制和国家机关进行一些调整和改革。其改革可分为两个阶段：第一阶段从第二次鸦片战争后设立总理各国事务衙门到戊戌变法失败；第二阶段从1901年清王朝下谕更张法令、变通政治、设立督办政务处至清王朝覆灭。

第一阶段　这一阶段的改革主要是设立一些对外机构。第二次鸦片战争结束后，咸丰十年十二月（1861年1月），清王朝为了同外国打交道的需要,根据恭亲王奕等的奏请，决定设立总理各国事务衙门（简称总理衙门）作为清政府的外事机构。它不仅负责办理对外交涉、通商事务，凡与外国有关的铁路、电报、关税、学校等方面的事务，均由其管辖。总理衙门仿照军机处的体制，主要官员分为大臣和章京两级。大臣有总理各国事务亲王(郡王、贝勒),总理大臣、总理大臣上行走3种,初仅3人,后增为7～8人,最多时达12人。章京有总办章京、帮办章京、章京、额外章京4种,各由满汉若干人担任。此外,还有额外行走满汉各4人。总理衙门下设英国、法国、俄国、美国及海防等5股,负责办理各国交涉事务及海防事务;设司务厅、清档房,负责掌管行政事务及文书档案工作。受总理衙门管辖的还有同文馆和总税务司。同文馆是学习外国语文和科学的学校，其管理大臣由总理大臣中简任。总税务司负责掌管各海关征收税课之事，由咸丰四年(1854)设在上海的江海关演变而来。咸丰十一年(1861)成立全国性的总税务司，受总理衙门管辖。总税务司所属各科、处负责人及各关税务司各部门的主管人员，都由外国人担任。外国侵略势力垄断了清政府的海关税务权。

总理衙门成立之后，清政府又设立了南洋、北洋通商事务大臣。南洋通商事务大臣，通称南洋大臣，由第一次鸦片战争后设立的五口通商大臣演变而来。初由两广总督兼职,后由两江总督、江苏巡抚兼任,一度成为专职。同治十二年(1873)始由两江总督兼任成为定制。南洋大臣负责管理东南沿海及长江各口岸的通商交涉事务。北洋通商事务大臣,通称北洋大臣,咸丰十年底(1861)设立,初为三口通商大臣,设专职。同治九年(1870)由直隶总督兼任成为定制，负责办理直隶(今河北)山东、奉天(今辽宁)三省通商和交涉事务。南洋、北洋大臣与总理衙门无隶属、指挥关系,若遇疑难不决之事,始咨商总理衙门定议，电奏大事则由总理衙门代陈。

光绪十一年九月(1885年10月)，清政府设立了总理海军事务衙门,简称海军衙门,管理全国海军，统一海军的指挥权。海军衙门设总理1人,会办、帮办各2人,但实权为会办、北洋大臣李鸿章掌握。他趁机大力扩充北洋海军。中日甲午战争中，北洋海军覆灭。光绪二十一年(1895)海军衙门裁撤。

光绪二十四年四月二十三日(1898年 6月11日)，光绪皇帝接受维新派的改革意见,颁布明定国是诏,宣布变法维新。至八月初六日(9月21日)慈禧发动政变止的103天里，光绪曾下令成立农工商总局、矿务铁路总局、邮政局、京师大学堂等新机构，撤销了詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺等冗闲机构。政变发生后，一切新政被废除，被撤销的机构全部恢复。

第二阶段　此阶段先后以"变法"和"预备立宪"的名义进行了一些改革。

推行"新政"与调整中央机关

光绪二十六年(1900)，八国联军攻陷北京，慈禧、光绪逃亡西安。为了挽救清王朝的统治危机,清政府企图借用改革政治以求自强,安抚人心，稳定政局。光绪二十六年十二月十日(1901年1月29日)下诏"变法",要求政府大员、各省督抚，就现存情弊，考酌中西政治，举凡国章朝政、吏治民生、学校科举、军制财政等,当因当革,当省当并,各抒己见,通限两月内条议以闻。光绪二十七年三月(1901年4月),谕令设立督办政务处，总办"新政"事务。

光绪二十七年六月（1901年7月）,在与外国侵略者议和期间，清政府按侵略者的意见，下谕改总理衙门为外务部，班列六部之前。外务部设总理亲王、会办大臣、会办大臣兼尚书各1人，左右丞、左右参议各1人。部内设和会、考功、榷算、庶务等4司,俄、德、法、英、日本等 5处及司务厅。外务部的职掌范围比总理衙门更为广泛。光绪二十八年正月(1902年3月),下谕裁撤了詹事府和通政司两衙门。