1992年12月29日，拉巴尼在总统选举中获胜，正式成为阿富汗总统。由于拉巴尼在竞选中采取了不光彩的手段，引起国内多数党派的不满，于是阿富汗烽火再起。来年1月19日，政府军为了避免希派武装用火箭射击市区，决定主动出击，将希派势力赶出郊区。但事不遂人愿，交战双方在郊外经过数日殊死相争，政府军不仅没有把希派游击队赶走，反而损失了大量的坦克、飞机和兵员，被迫向城中退却。激烈的战斗持续到2月上旬。

在国际舆论和巴基斯坦特使古尔的调停下，阿富汗各派于13日宣布暂时停火，结束了这场历时近一个月、伤亡7000人的内战。停火协定签订了，但问题并没有得到解决。1993年4月，阿富汗各派签署《伊斯兰堡协议》，规定由希克马蒂亚尔担任总理，但他害怕遭忠于拉巴尼的部队暗算而拒绝到任。1994年初，希克马蒂亚尔联合乌兹别克民兵司令杜斯塔姆，在喀布尔附近发动了一场推翻拉巴尼总统的未遂政变。随后，希克马蒂亚尔和杜斯塔姆以及阿富汗民族解放阵线、伊斯兰联盟结成了四党反政府联盟。

就在这些乌合之众为了苏联留下的残羹冷肉混战不堪的时候，1994年10月，新兴的宗教学生武装塔利班迅速崛起，并飞快地壮大，成为原有各派游击队的共同对手。1996年9月，塔利班攻破喀布尔，捕获了在联合国办公处避难的纳吉布拉，随后用极其残忍的手段处死了他，并将新政府军的武装逼向阿富汗的北方。

阿富汗塔利班攻占首都喀布尔后，以总统拉巴尼为首的原政府迁往阿北部。10月，拉巴尼召集成立“保卫祖国最高委员会”，由拉巴尼、马苏德领导的伊斯兰促进会、杜斯塔姆领导的伊斯兰民族运动和哈利利领导的伊斯兰统一党及一些小党派组成了反塔利班联盟。由于拉巴尼和马苏德的势力集中在阿东北部，杜斯塔姆势力范围在西北部，哈利利势力范围在中北部，故从地理概念上称之为“北方联盟”。因北方联盟的主要任务是反对塔利班，所以也被人们称之为“反塔利班联盟”。

在反塔联盟中，拉巴尼、马苏德领导的伊斯兰促进会主要由阿第二大民族塔吉克族组成，杜斯塔姆领导的伊斯兰民族运动主要由乌兹别克族组成，哈利利领导的伊斯兰统一党主要由哈扎拉族组成。反塔联盟中多属伊斯兰教中的温和派。

1997年6月，反塔联盟成立“拯救阿富汗伊斯兰联合阵线”政府，定都马扎里沙里夫，任命拉巴尼为总统，马苏德为国防部长。该联盟承袭了阿富汗伊斯兰国驻世界各国的使馆和联合国席位。

反塔联盟成立初期，在总体实力上与塔利班旗鼓相当，据守在喀布尔北部地区，面积约占阿富汗国土的1／3。但由于该联盟是为了共同抵抗塔利班的进攻而成立的，各派之间的固有矛盾依然存在，内部派系林立，各自为政，难以形成合力对抗塔利班的进攻。在1998年夏季战役中反塔联盟遭到惨败，马扎里沙里夫落入塔利班之手。2000年9月，塔利班攻克反塔联盟新都塔洛甘，并切断反塔联盟与塔吉克斯坦间的主要后勤补给线。杜斯塔姆、哈利利等领导人流亡国外，仅剩马苏德一支武装孤军奋战，据守在巴达赫尚省、潘杰希尔山谷及阿中部一小块土地，占阿国土的不到10％。2001年9月15日，马苏德遇刺身亡后，反塔联盟处境更趋困难。

这种情况一直维持到美军在9.11事件后进入阿富汗，一直将战火维持到今天。