纵观目前的日台军事合作，针对目标就是以中国大陆方面为假想敌，以应付台湾海峡发生的军事冲突为主要内容。而除去日本不可以向台湾地区出售军火外，日台的军事合作主要集中在以下四个领域。

以军为主、以政促军的高级合作

日台双方军界对军事交流表示出了极大的兴趣。早在李登辉时代，日本军方就频频以民间协会的名义到台湾进行交流，交流的内容甚至细化到如何击溃大陆庞大的潜艇编队这样的技术问题，并图谋实现台日间的直接军事合作。

为方便日台军事合作，台湾驻日代表处设有“驻日军事协作组”，专门与日本自卫队现役高层打交道。早在几年前，台湾曾派遣了一个包括三位现役将军在内的军事访问团秘密访问日本，与日本退役将军进行战略对话，除广泛交换双方对于东亚战略态势的看法外，还提出了包括双方进行海上搜救演习等建议。

而包括日本防卫研究所、和平安全保障研究所以及日本战略研究论坛等日本自卫队高级智囊机构，都在为日台军事合作牵线搭桥，台军已获得包括日本陆海空三军的指挥参谋教育课程资料，专供台军学习参考之用。而在以政促军方面，双方更是花样百出。近年来，随着日台关系升温，日本有关机构提供的咨询报告中，均强调日台关系的重要性，在日本内阁成员有近一半的议员对台持友好态度，特别是日本外务省取消了不允许课长级以上日本官员访台的规定后，更是出现了日本议员访台热。如当年日本自民党众议员米田建三到台湾访问时，大谈“日台团结对抗中国”，至于石原慎太郎更是几度访台。另外，东京财团为加深与台湾的交流，也专门设立了“军人同行交流会”，已连续六年围绕台海问题召开研讨会，主要议题就是亚太地区安全形势及三边安全合作模式，以及如何迎接中国崛起的挑战等。