尽管从杜鲁门和艾奇逊的公开声明发表到朝鲜战争爆发之前，美国国家安全委员会再没有就台湾问题进行过任何值得一提的讨论，但是军方和国会中的反对意见依然存在，军方甚至有自行其是之嫌。就在艾奇逊1月12日演说后不久，参谋长联席会议即决定将过去制定的一旦发生战争时不让台湾落入苏联手中的“紧急作战计划”的有效期延长到1951年底。以后，随着共和党在国会的煽动，中美关系因北京军营事件而激化，中苏友好同盟互助条约的签订以及麦卡锡事件的发生，国务院在对台政策问题上受到越来越猛烈的攻击，艾奇逊则首当其冲，成为攻击的目标。

1950年4月以后，台湾形势愈加紧张。4月27日海南岛解放，5月16日国民党军队撤离舟山群岛，台湾当局惶惶不可终日，美国对台湾的命运也更加关注。国务院按原定政策准备撤离台湾。5月17日斯特朗从台北报告说:“我和使馆的人员都认为，台湾的命运已经注定，共产党可能在6月15日至7月底之间发动进攻”。斯特朗建议减少美国官方人员，警告所有美国公民迅速离开台湾，转移精密仪器等。他告诉国务院，他将“在6月15日之前，把所有必须转交给英国领事馆的文件准备好”，并“确定出内部和外部的撤离单位”。5月26日，国务院给斯特朗回电，同意他关于“尽早和逐步”采取有关措施以便为撤离计划的实施奠定基础的建议，并授权他秘密地与英国方面“进行完全必要的筹划”，以防万一。与此同时，美国驻台湾总领事馆在5月24日已经劝告美国公民，除非他们在那里还有非办不可的事情，否则还是离开该岛为好。

军方的态度却是截然相反的。4月间，参谋长联席会议对东南亚的战略形势提出看法，其中对中国在美国的亚洲战略地位中的重要性的提法比以前加强了，鼓吹美国应采取“果断的”、“持续的”措施以“减少来自共产党中国的压力”，并且认为，“有证据说明中国国民党的军队有所振兴并增强了效能”。

在国防部里，从4月至6月朝鲜战争爆发前夕，不断有人提出各种意见书，支持参谋长联席会议的意见，主张推翻杜鲁门1月5日声明的政策，尽一切力量“保住”台湾。理由是情况有了新的变化，“苏联已经安全接管了共产党中国”。建议书提出:美国的短期目标是尽量维持台湾的抵抗力量，最好超过18个月，以争取时间加强菲律宾和印尼的防务；长期目标是“永久”不让共产党得到台湾，为此要采取有深远意义的步骤，把一个“非共产党统治的台湾”与它的“非共产党邻国”联合起来，最后形成一个“非苏维埃的中国”。建议立即采取的步骤有:向台湾增派高、中级军官，立即用“援华法案”的余款为台湾购置舰只和军火，美国海军作战舰艇公开访问台湾，国务院应发表声明，解释美国政策转变的原因，并增加在台湾的外交代表。实现长期目标的措施包括:美国第七舰队进驻台湾海峡，组织军事调查团调查台湾的防务需要，设法让蒋介石下台而支持其后继者并给以充分的经济和军事援助，使日本、菲律宾或者加上越南与这个“台湾民主政府”缔结安全条约，训练反共游击队并派入中国大陆等等。

国防部长约翰逊显然是支持这些意见的。5月25日，即战争爆发前一个月，约翰逊向杜鲁门提交了一份备忘录。这是一个有关美国转变对台政策的非常重要的文件。据布雷德利回忆，其内容是:

国家安全委员会1949年12月29日决定采取不援助中国国民党防守台湾的进一步行动。从那时以来，情况的变化已经发展到了这样的程度，以至国防部感到有责任请求您再次提出这一问题，供进一步研究和斟酌。年初以来，海南岛和上海附近沿海的岛屿已落入共产党手中；共产党中国同俄国签订了一项军事条约；在过去的数天中，朝鲜形势变得十分严重。虽然台湾并非是美军的一个重要基地，但一旦它被敌对国家占领，将会严重影响我们在日本、冲绳和菲律宾的地位。该岛上有许多现成的机场，从那里起飞的敌机完全可以接近我们的基地和交通线，这样就使这些机场加倍地发挥作用。例如，我们现有的战斗机的航程仅能够在冲绳和菲律宾之间活动。如果为避开来自台湾的干扰，必须要绕一个圈子，而这一迂回行动是不可行的或极其危险的。国防部12月曾建议命令远东战区总司令麦克阿瑟向台湾派出一个调查组，以掌握关于如何才能防止台湾落入敌对国家手中的第一手材料。我再次建议您采取这一行动，参谋长联席会议和麦克阿瑟将军对此也表示赞同。

6月9日，约翰逊甚至要求参谋长联席会议考虑出动美国军队阻止对台湾的进攻这样一个十分敏感的问题。与此同时，刚刚出任国务院顾问的杜勒斯也提出了改变对台政策的问题。作为共和党外交政策的主要发言人杜勒斯进入国务院，肯定给艾奇逊带来了不少麻烦。5月18日，杜勒斯向国务院提交了一份备忘录。备忘录认为，由于共产党控制了中国，而中国又与苏联结盟，世界上力量均衡的局面已被打破，并且朝着有利于苏联而不利于美国的方向倾斜。在这种情况下，如果美国的行为仍表现出允许那些未确定地区，即美洲和北大西洋条约国以外的地区，落入苏联之手的倾向，那么，在类似日本、菲律宾、印度尼西亚这样具有丰富自然资源的地区，美国就将遇到一系列重大的灾难，甚至中东石油地区也将处于危机之中。为了防止这种灾难发生，美国应该迅速采取一种能够显示我们信心和决心的全新与强硬的立场。杜勒斯认为，在台湾采取这一立场是最有利的，他说:“如果美国宣布要使台湾保持中立，既不容许它被共产党占领，也不容许它被用作对抗中国大陆的军事基地，那么，我们就一定能够使这一决策坚持下去，除非苏联发动公开的战争。”