毓贤是1899年3月以山东按察使的身份接替李秉衡出任山东巡抚的，但他在这个位置上一年都没有做到。毓贤被赶下台的主要原因来自于外国的压力，山东的教会和北京的那些公使们对他的政策非常不满意，并认为他既缺乏诚意也没有能力去保护教会和教民。

毓贤在山东从政多年，对当地的民教冲突可谓是了如指掌。甲午战争后，外国势力步步紧逼，特别是在1898年德国强占胶州湾后，山东反对侵略和洋人洋教的呼声日益高涨，这从不断增多并日趋激烈化的教案中可以清楚看到。对于这种民情民意，作为传统士大夫出身的官员，毓贤也不可能不有所感知。

早在1870年的时候，天津曾经发生过一次重大教案，当时的天主教堂望海楼被烧毁，法国驻天津领事也被愤怒的民众打死，后来由声望正隆的曾国藩去处理这件事。曾国藩也意识到这次事件是众怒难犯，并且有不少秘密社团参与其中，如果按照法国的要求将所有参加事件的民众全部问罪的话，必然会株连过广且伤及民族的尊严，由此他提出一个原则便是“只问匪不匪，不问会不会”，意思就是说惩治罪犯不按是否参与秘密社团，而以其是否犯罪为准。

曾国藩的这个原则，被后来的山东巡抚李秉衡和毓贤继承了下来，并一直按照这个原则来处理之后的教案，其主要用意是希望区分良莠，将平民和匪徒区分，以尽可能的缩小打击面，避免在处理过程中激起民变。外国势力对“曾国藩原则”显然是不满意的，他们不断的向总理衙门和地方政府施加压力，要求惩办所有参与之人，以逞己志，却丝毫不顾及当地复杂多变的民情，也毫不体谅那些坐在火山口上的地方官员。由此，不仅民、教之间大起争端，官、教之间也是矛盾重重。

毓贤之所以顶住外国压力，另外还有一个原因是他得到了当时朝廷保守派和清流派的支持。在戊戌变法后，以端王载漪、大学士刚毅等人为首的保守派逐渐把持了政权，这些人极度仇视外国势力（很大一部分原因是立储问题，后叙），而毓贤与这些人交往甚密，因此载漪等人在朝廷中帮毓贤撑腰也就不难理解了。至于朝廷的清流派，他们虽然大多没有什么实际权力，但他们对舆论却有很大的影响力。在外国势力的威胁日益增大的情况下，他们在朝廷中大声疾呼，要求对外国势力持强硬态度，这也是一种可以理解的缓冲和反弹。

在此情况下，毓贤对于外国教会和公使们的抗议大多置之不理，而始终用自己的办法来解决当时日益激烈的民教冲突。数年前，毓贤曾用“惩首解从”的方法在鲁西南成功的处理了大刀会的反教活动，在当上山东巡抚后，他仍旧认为这是一个有效的办法。特别在朱红灯等人被逮捕后，茌平一带重新恢复了平静，毓贤在这时还是认为他的方法是行得通的。

但可惜的是，毓贤这次看起来战术是成功了，但这只是假象而已。鲁西北的义和拳和鲁西南及冠县的义和拳根本不同的地方在于，他们的降神附体仪式具有迅速产生新领袖的神奇魔力，而不需要像刘士瑞和赵三多那样需要很长时间去培养威望。而且，鲁西北一带的地方士绅力量薄弱，拳民们又大都是一些生活穷困的下层民众，这使得官府对他们的控制难度极大。

果然，还没有过一个月，新的拳民活动在齐河、聊城、平阴、东阿等地便再次蜂起，各地的教会和教民不断受到攻击，这使得各国公使、领事的抗议书像雪片一般的飞向总理衙门，并将矛头直指山东巡抚毓贤。就连一向不太多事的美国公使康格也向总理衙门提出强烈抗议，并指责毓贤对保护教会和教民的要求置若罔闻。在没有得到满意的回复后，康格又再次致书总理衙门，提出“山东巡抚不能统制暴徒、保护宣教士和外国人的话，就应该撤换派一个能干的人去代替他的职位。如果他的兵力不足，我们或可从天津调遣训练有素的军队前往协助。”（25）

在各国公使的压力特别是声称要用自己的武力保护的威胁下，清廷终于让步，因为他们担心局势如果不迅速平息下去，一旦再有外国人被杀，可能会导致1898年胶州湾事件的重演。在此情况下，毓贤于1899年12月解职并被召回了北京，接替他出任山东巡抚的各国公使所满意的袁世凯。

各国公使之所以看上袁世凯，主要有两个原因，一是袁世凯当时因为编练新军，手里有七千人的现代武装，也可以说是当时中国最强大的军事力量，公使们认为袁世凯将他的军队带来山东必然能够震慑那些拳民而使得局势尽快平息下来；二是各国公使认为袁世凯是一个能力突出、倾向洋务的开明派，而且是一个果敢的军人。在清廷的任命下来后，美国公使康格在写给美国国务卿海约翰的一封信中说:“我很高兴地向你报告:昨日武卫军袁世凯将军受命出任山东巡抚代理。他是个能干、勇敢的人，与外国人交际甚广。相信皇上赐予适当的谕旨后，则扰乱即可停止，秩序马上就能恢复，我们希望如此。”（26）

当时英国公使窦纳乐也乐观的向伦敦报告说:“关于山东的未来局势，目前最令人感到有希望的是新任山东巡抚人选袁世凯”，因为袁世凯“已将他的所有部队带进山东。此人一贯决策果断，该动武时决不手软，所以有可能在很短的时间内平定山东的暴乱。”（27）

在袁世凯到任之前，毓贤处死了朱红灯等三人，当时济南城中流言四起，说袁世凯因为其兄袁世敦在平原事件中受到处分，所以将一意进剿，要诛剿义和拳以雪耻泄愤，很多人都痛骂袁世凯是洋鬼子巡抚。（28）

山东籍的京官对这些流言感到不安，他们随后纷纷上折弹劾袁世凯，意图对其形成牵制。朝廷也此感到担忧，随后便指示袁世凯到任后处理教案要持平办理，不可轻易用兵。12月26日，就在袁世凯到达济南上任的那天，侍讲学士朱祖谋上折分析了山东拳乱的根源，其认为是李秉衡被革职后教会侵略活动加剧所导致的结果。另外，他在奏折中指出有一百多名无辜平民在森罗殿之战中被杀，以此来暗示袁世凯不应该使用军事方法来镇压，因为这会使得老百姓对教会更加反感。（29）

第二天，御史黄桂鋆有上折为拳民辩护，他把拳民运动的产生归结于德国强占胶州湾，并以儒家“以民为本”的训则指责“地方官不论曲直，一味庇教而抑民，遂令控诉无门，保全无术，不得不自为团练，籍以捍卫身家……盖刀会、拳会与团练相表里，犯法则为匪，安分则为民。”另外，黄桂鋆还特别警告袁世凯可能会因为与袁世敦的血缘关系而对义和拳进行报复。为此，他说出了一句发人深省的话:“我国家岁费数千万金钱，篆养战士，不以御外夷，而以残百姓！”（30）

朱祖谋和黄桂鋆可谓是代表了朝廷中的保守派和清流党，他们对地方上民教冲突的复杂性并无根本认识，特别是黄桂鋆关于“刀会、拳会与团练相表里，犯法则为匪，安分则为民”的说法更是在实际中是根本错误而行不通的。事实上，拳民一旦蜂起，不管其攻击教会教民也好，攻击平民或官府也罢，要想将之平息下去，唯有暴力并且要付出相应的代价。而且，拳民们显然不是什么团练，因为团练是官方批准并受到控制的组织，尽管两任山东巡抚张汝梅和毓贤都曾提到将拳民编入民团的设想，但没有任何证据证明这曾经付诸实施。事实上，这种可能性微乎其微，因为从法律上来说，保护教会和教民是官方在条约下的法定义务，任何官员都不可能容忍自己的辖区出现拳民攻击教民的混乱现象。毕竟，地方稳定是官员们的第一要务。

在这些人的呼吁下，清廷一而再、再而三的给袁世凯发电报，告诫他“不可徒恃兵力，转致民心惶惑”，处理义和拳时“总以弹压解散为第一要义”，即使要使用武力，也“不可一意剿击，致令铤而走险，激成大祸”。（31）