傅斯年不是军事专长，却有着爱国的热忱，他以国民参政员的身份上书蒋介石，提出了固守湘西、湘南、广西全境，在西北方面统一指挥，在西南加强公路、铁路交通建设，特别注意日寇通过豫西、鄂西威胁汉中等一系列有真知灼见的建议。

1941年12月太平洋战争的爆发也并非在傅斯年的意料之外，抗战打到第18个月，他就在1939年1月15日出版的《今日评论》发表《英美对日采取经济报复之希望》一文，认为日本银行准备金消耗得差不多了，全靠对外贸易和小量金矿赚外汇，这个时候如果英美给予经济打击，日本的购买战争和工业品原料就会发生困难，战时发生这样的情况它是不能支持下去的。日本偷袭珍珠港，向美国开战，太平洋战争的全面打响无疑更加速了其失败的进程。美国的海军新战术和海上优势让日本措手不及，这也是日本始料不及的。1944年7月抗战七周年之际，傅斯年在重庆《大公报》星期论文《我替倭奴占了一卦》文中，引用李商隐的诗:“夕阳无限好，只是近黄昏。”当时日本正在发起抗战以来最后一轮大规模的进攻，占领了洛阳、长沙等重要城市，表面上还看不出衰败迹象。但他判断这已是日本的下策，“倭奴在今天，上策既不能打败美国，中策又不能不为美国打败，万不得已，然后取此下策，向我们寻衅。其目的是显然为着巩固大陆上的地位。以为时机一到，便向盟邦求和。”他进一步判断几个月后就会是我们反攻的局势，中国西部的地形也早已消解了日本在兵器上的优势。他不无兴奋地说:“抗战满年月，军事上我在今天最为乐观，因为世界上已经没有不可知的因素，倭奴手中已经没有不翻开的牌。”结果与他的分析几乎吻合。

傅斯年是20世纪的“士”，是“五四”孕育出来的新型知识分子，透过几千年历史的迷雾，他发现“以暴易暴，没有丝毫长进”，所以坚定地信仰以和平方式完成“精神上的革新”。以学生领袖而学者、而大学校长，这不是傅斯年一个人的选择，而是“五四”那一代优秀分子的群体选择。这些“五四”之子，不少人后来都沐浴过欧风美雨，饱受西方文明的滋润，同时对自己苦难的民族怀有深厚的感情。虽然他们大部分走的是学术之路，但他们并不是枯守书斋之内，两耳不问窗外事的迂腐学者，大多数都具有坚定的道德理想担当。

傅斯年相信只有站在政府之外，保持知识分子的独立性，才能充分发挥舆论监督的作用。

1946年，蒋介石要他做国民政府委员，他在3月27日写信谢绝，信中表示自己只是一个愚憨书生，世务非其所能，“如在政府，于政府一无裨益，若在社会，或可偶为一介之用。”当初做参政员，是因为国家抗战，义等于征兵，所以不敢不来，战事结束，当随之结束。“此后惟有整理旧业，亦偶凭心之所安，发抒所见于报纸，书生报国，如此而已。”

这一点，他在给亦师亦友的胡适信中说得更透彻:“我们自己要有办法，一入政府即全无办法。与其入政府，不如组党；与其组党，不如办报。……我们是要奋斗的，惟其如此，应永远在野，盖一入政府，无法奋斗也。” 好一个“永远在野”，这是一个现代知识分子的自觉选择，他所梦想的不再是为“学成文武艺，卖与帝王家”，不再是为“帝王师”，他寻求的不是权力，而是监督和制约权力，做社会的良知。一个傅斯年站出来也许没有什么，倘若有无数个傅斯年挺身而出，就会形成独立知识分子的力量，推动公民社会的健康发展，使权势集团有所忌惮。所以，他最多只愿出任国民参政员、立法委员，议政而不从政，他知道知识分子一旦离开现代的大学、报馆、出版和研究机构这些新的职业位置，将会一钱不值。他不仅自己不做官，还极力劝阻老师胡适入阁。1947年，蒋介石想拉胡适担任国府委员兼考试院长。傅斯年心急如焚，函电纷驰，劝胡适:“您三十年之盛名，不可废于一旦，令亲者痛，北大瓦解。”最终胡适留在了北大校长的位置上。

终其一生，他都是一个无党无派的知识分子，但他对国民党政权的腐败、专制有过很激烈的批评，因此赢得了“傅大炮”的美名。他与蒋介石虽有私交，但他可以当面批评蒋。

他曾先后将孔祥熙、宋子文这两个皇亲国戚、党国要人从行政院长的台上轰下来。孔宋门第显赫，长期掌管国库的钥匙，不仅自己贪得无厌，而且纵容家属和部下贪污腐败，是典型的既得利益集团，蒋介石都奈何不了，世人敢怒而不敢言。傅斯年愤怒地说:“我拥护政府，不是拥护这班人的既得利益，所以我誓死要和这班败类搏斗，才能真正帮助政府。” 这不是有些人说的“士大夫与买办阶级的争持”，而是傅斯年这样的独立知识分子与炙手可热的既得利益集团之间的较量。

1938年，他两次上书蒋介石，从物望、才能、用人、内政、外交、政风与家风等方面指出孔祥熙不适合担任行政院院长，劝蒋把他换掉，未被采纳。1942年，抗战进入相当困难的时期，孔家却乘机大发国难财，贪污数额之巨，贪污手段之恶劣，令人发指。傅斯年拍案而起，带头在国民参政会上提出质询案。当时，孔正在美国出席国际货币金融会议。蒋介石得知这一消息立即召见了傅斯年等人，进行安抚搪塞，希望他们出言慎重，以维护政府的威信。蒋在请傅斯年吃饭时，他们之间还有一段这样的对话——