国粹派关于中西文化问题的主张，深刻反映出在半个世纪的“西学东渐”过程中，国人对中西文化的对比思考。先是提出“西学中源”，继而出现“中体西用”，19世纪末有“全盘欧化”，时则提出“复兴古学”。这表明，如何对待中西文化，如何会通中西文化以建立新的近代民族文化，是近代中国必然遇到也必须做出回答的问题。但国粹派却没有能够解决这一课题。

首先，在“复兴古学”口号下，国粹派表现出一种对中国古代文化学术不加分析，不作批判，不分优劣地一律大加赞赏，甚至把封建糟粕也当做精华进行吹捧的过分崇古倾向。譬如，他们一面倡导挣脱家族束缚、争取人性解放，一面又提出“家族伦理不可骤废，若以家族伦理为可废，于一群不能和睦，又安望其能合群”（注:刘师培:《伦理教科书》，《刘申叔先生遗书》65册。）；一面宣传“合众共和不可已”，一面又扬言“共和之名不足多，专制之名不足讳”（注:章太炎:《代议然否论》，参见《章太炎政论选集》上册，469页～470页。），造成人们思想认识混乱，也削弱了国粹派反封建的锋芒。为攻击西方政治制度的弊端，国粹派盲目崇信、无限抬高中国传统文化，犯了“泥古不化”的错误。譬如在宣传民主共和思想的同时，不伦不类地把中国古代典籍中的“明堂之制”、“询民之法”比附于西方民主制度（注:马叙伦:《＠②天庐政学通义》次六、次三，《国粹学报》9期，光绪三十一年九月廿日。）；并认为中国本已有“君”，实无必要再设“总统”，“是国不可以废君，废君，是废群也”（注:马叙伦:《＠②天庐政学通义》次六、次三，《国粹学报》9期，光绪三十一年九月廿日。）。对“凡事古已有之”的宣扬，极易将人们思想导入误区，似乎只要回复古代，现实一切弊端都可迎刃而解。国粹派中许多人都是刚从封建士大夫营垒中决裂出来的，他们虽已投身资产阶级革命，但头脑中还有太多的封建意识。在建设近代民族文化问题上，他们虽然主观上想创造新文化，但又过分推崇古代学术思想，这在一定意义上助长了封建复古主义逆流，阻碍了资产阶级文化传播，妨碍了近代新文化的建设。

其次，国粹派的“泥古不化”恶性膨胀，在否定西方文化问题上也走向极端。对于长期处于封建专制统治之下、目前正经历资产阶级民主革命的中国，西方资本主义思想文化中有很多可以涉取的营养，有很多值得借鉴的先进经验。尽管进入帝国主义时代的资产阶级思想文化和政治制度已暴露出越来越多的弊端，尽管许多原本闪烁着资产阶级民主思想光芒的理论、口号已失去光彩，成为虚伪的谎言，甚至成为帝国主义强权政治的借口。但是，完全否定西方文化的进步性，忽略资本主义比封建制度先进的地方，甚至不能理解资本主义取代封建制度的历史必然性，却是错误的。国粹派在对待西方文化问题上，将反对帝国主义与反对学习西方混淆起来，将批判资本主义弊病与否定西方文化混淆起来，一方面表现出中国资产阶级对西方帝国主义文化侵略的抗议，同时也是过分推崇“国粹”，受传统封建文化束缚而无力自拔的结果。这种对西方文化的偏见，同样不利于近代新文化的建设。

还有，在对中西文化进行比较时，国粹派缺乏科学态度，显得牵强附会。国粹派在复兴古学、宣传国故时，多将中国古代文化学术，特别是上三代的制度法规与近代西方制度文化进行对比，认为中国文化优于西方文化，西方文化中许多好东西中国古已有之，因此近代中国大可不必去西方人那里寻求救时良策，中国古代典籍中早就提供了解决社会弊端的“良法美意”。显然，国粹派对中西思想文化的比较带有不成熟性，忽视了中西文化在不同发展阶段以及代表不同阶段利益的实质性差异，混淆了中国古代民本思想与西方近代民主思想的根本区别，从而使这种比较成了牵强附会的主观臆断。这是一种以我为中心、坚持“天朝上国”观念、否认人类文化发展多元性的盲目骄傲自大心态的反映。