蒋经国靠他父亲的栽培、扶持上台，加上他在大陆出生、长大、受教育，而且还曾转战大江南北，因而他在接掌权位后沿袭他父亲的“反共”、“复国”政策。如蒋经国主导的国民党“十一大”通过了“反共复国行动纲领”，提出“坚决维护中华民国宪法所制定的国体”，“贯彻反共复国的总目标”，声称要“废除中共集体经济制度”，“根绝马列主义思想”及其“所产生的一切政策、制度与生活方式”，“中国的统一，只有当共党政权与共产制度在大陆消失时，才有可能”。

蒋经国坚持“反共复国”政策一方面是其反共思想作祟，另一方面是要维持国民党在台湾的“法统”地位，稳定国民党在台湾的统治。

蒋经国坚持反共政策的同时，也继续奉行其父亲的“汉贼不两立”和反对分裂的政策。在国际社会中，两岸是“零和游戏”，有大陆就没有台湾当局，有台湾当局就不能有大陆政府的存在。在岛内，蒋经国对“台独”活动采取严厉打击的政策，使越来越嚣张的“台独”势力要么只能在海外从事分裂活动，要么只能在岛内搞地下活动。

但蒋经国作为国民党的新一代，他所处的社会环境又不同于蒋介石时代，因此他又要根据新的形势调整政策，建构自己的统治基础。因此，他在处理台湾问题上的态度，又有跟其父亲不完全一致的地方。

其一，蒋氏父子都强调以“三民主义统一中国”，但蒋介石是要以军事“反攻大陆”、武力统一中国，在大陆普遍推行三民主义；蒋经国强调的是在三民主义前提下，和平统一中国，提出统一“将不是由武力完成，而是由政治、社会和经济方法来达成”。

其二，蒋氏父子都推行隔绝两岸的政策，蒋介石是对与大陆有任何往来关系及嫌疑者使用白色恐怖手段，蒋经国推行的是“不妥协、不接触、不谈判”的“三不政策”。但蒋经国在晚年解除“戒严”，允许台湾民众赴大陆探亲、奔丧。

第三，蒋氏父子对待“中国人”的态度有些微差异。两蒋都强调“不做中华民族的罪人”，他们认同“一个中国”和坚持“汉贼不两立”的政策。但蒋介石坚持台湾人就是中国人，蒋经国为了巩固自己的统治地位，推行“本土化”政策，强调自己是中国人，也是台湾人。

蒋经国在处理台湾问题上的态度，跟其父亲有所差异，既是时代环境变迁的产物，又反映了蒋经国矛盾和苦无出路的心理。正因为如此，蒋经国在世时并未为两岸的统一制订明确的大陆政策，此为后来两岸关系的变化增添了变数。