待到清帝退位一事尘埃落定后，袁世凯在心满意足之余，便令人给南方革命党发去一电，声称共和政体乃最良政体，来之不易，今后共和建设还需诸君努力云云。孙中山在接到电文后，自然明白袁世凯话里的含义，次日便向临时参议院提出辞呈，并举荐袁世凯为临时大总统，以兑现之前的承诺。

不过，孙中山在提出辞职的同时，也提出了三个先决条件，那就是:一、临时政府必须设在南京；二、新任临时大总统必须到南京就职；三、新任临时大总统必须遵守临时参议院制定颁布的一切法律章程。

民国元年的2月15日，也就是清帝退位的第三天，孙中山率领南京临时政府的各部部长和各路革命军将领，前往朝阳门外的明孝陵致祭，以宣告汉族光复、民国统一。一路上，革命士兵五步一岗，十步一哨，军乐队作为前驱，一路上军乐声响彻云霄，场面很是热闹，就连驻南京的各国领事也前去观礼。

在祭礼结束后，革命士兵又放了十七响礼炮，随后孙中山登台演说，称:“推翻帝制来之不易，袁世凯乃当代英雄，功劳甚大，倘若他当选总统，必能巩固民国；但临时政府须定都南京，因为北京受专制影响太大，民国初建须革故鼎新，定都南京有利于开创新局面”云云。

紫金山下，明孝陵前，孙中山的演说一如既往的精彩动人，下面的巴掌声也差点盖过了演讲者的声音。孙演说完毕，军乐队又奏起雄壮的音乐，将众人的掌声压了过去，算是礼成。最后，全体到场人士三呼“民国万岁”，方才散去。

当天下午，临时参议院召开十七省代表投票选举临时大总统。这次选举以省为单位，每省一票，共计十七票。待到投票后，诸人打开票箱一看，只见十七张选票统统写着“袁世凯”三个大字，于是袁世凯便以全票当选为中华民国第二任临时大总统（孙中山的演说原是铺垫）。

在得知自己已当选为中华民国临时大总统并要求前往南京就职后，袁世凯呵呵一笑，却不紧不慢地向南京发去一电，声称自己“德薄能鲜”，不敢承担总统一职；如今北方危机四伏，险象环生，目前不便南下；自己经反复思量后，“与其孙大总统辞职，不如世凯退居”云云。这个“以退为进”的招数，袁世凯用得既冠冕堂皇，又无暇可击，不但为自己赢得淡薄名利、谦让自抑的好名声，而且还着着实实将了南方革命党一军。

孙中山之所以要坚持定都南京并要求袁世凯非到南京就职不可，目的就是要以此来限制袁世凯，因为袁世凯的势力主要在北方。但是，袁世凯是何等人物，他沉浮宦海三十余年，什么大风大浪没见过，岂有看不出孙中山的用意？再者，北方是袁世凯的老巢，他岂有孤身南下、成为南方革命党的傀儡之理？南京定都之提议稍显幼稚，非待智者而知之。

果不其然，袁世凯的电报一公布，各方舆论纷纷对定都南京一事表示反对，譬如民社、民立报、国民协会等八个社团便发表联合声明，声称“定都北京乃民国内政外交之关键，倘若舍北取南，帝党势必会死灰复燃，而强敌也有乘机侵略之虞”；而革命元老章太炎更是跳出来大唱反调，他宣称南京地处偏倚，备有“五害”（从历史上看，南京的确是不祥之都），并公开指责孙中山是在故意挑起事端。

在舆论的煽动下，各省都督、绅商代表也纷纷致电南京临时政府，对定都南京表示异议。就连一贯主张建都武昌的黎元洪，这时也改口支持北京定都，“以免酿成大患”。而南方革命军中的许多将领如浙军司令朱瑞、粤军司令姚雨平、第一军团长柏文蔚等也纷纷发表通电，主张临时政府建在北京为妥。

孙中山接到电报后，心里倒是乐意袁世凯辞职不干，但他不能自作主张，随后便将袁世凯的电报交与临时参议院讨论。令孙中山没有想到的是，临时参议院的议员们对定都南京一事也无甚决心，或许是他们认为孙中山的想法太天真，或者急于维系来之不易的和平，结果对于定都一事群起争吵起来，最后只好用投票的方式来决定。

投票的结果出人意料，支持定都北京的二十票，而支持定都南京的只有五票，另外还有两票支持武昌，一票支持天津。孙中山得知这个结果后极为愤怒，当晚便召集同盟会的议员开会，要求他们统一立场，结果临时参议院在次日再次开会讨论定都问题。

为了保证复议翻案，黄兴于次日亲临现场，并声称要是不定都南京的话，他将率宪兵队进参议院把所有同盟会籍的议员们绑缚起来。经过同盟会员吴玉章等人的紧张疏通，临时参议院再次投票，最终以十九票对十七票的结果决议定都南京。

为促使袁世凯尽快到南京就职，孙中山决定派出专使团前往北京，迎接袁世凯南下。专使团以临时政府教育总长蔡元培为团长，外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、参谋次长钮永建、法制局长宋教仁、湖北外交司长王正廷、前议和参赞汪精卫等为欢迎员，阵容不可谓不强大，仪式不可谓不隆重。在袁世凯的议和代表唐绍仪的陪同下，迎袁专使团于2月21日从上海启程，赶赴北京迎接大总统。