人民公社的特点是“一大二公”，吃大锅饭，搞平均主义，损害了群众利益，挫伤了社员的积极性。毛泽东也发现人民公社化运动带来的混乱，以他为核心的党中央从1958年11月召开的第一次郑州会议开始对人民公社进行了一系列调整，并最终决定把基本核算单位下放到生产队。1962年9月八届九中全会通过了《农村人民公社工作条例〈修正案〉》，把这一调整以法律形式正式确定下来，从此，人民公社就比较稳定地实行三级所有（即公社、生产大队和生产队），以生产队为基本核算单位的体制。

三级所有体制与人民公社建立初期比，有重大改变。这些一定程度上的调整调动了社员的积极性，促进了农业的恢复与发展，农村形势有明显好转。但这些调整是在肯定“三面红旗”的前提下进行的，未否定“一大二公”，仍然存在很大弊端，特别是“文革”开始后，不少公社又开始出现并队核算及没收生产队山林、社员自留地现象，取消集贸市场，大搞“割资本主义尾巴”，公社的权力越来越集中，使农村经济经历1959~1961年的挫折后又一次陷入了困境。