当陈寅恪沉浸于新的学术领域时，中国科学院拟请他出任历史研究所二所的所长。他拒绝了。《对科学院的答复》一文中，起首便是：我的思想、我的主张完全见于我所写的王国维纪念碑的碑文中。这篇广为流传的碑文里，陈寅恪表达了这样的思想：读书治学，只有挣脱了世俗概念的桎梏，真理才能得以发扬。他提出“不要先存马克思主义的见解，再研究学术”，在那个年代是惊世骇俗的。

《论再生缘》完成了，但无法正式出版，陈寅恪只能请人用蜡版刻印，分送友人。他在文末题诗：文章我自甘沦落，不觅封侯但觅诗。这是他心境和志趣的隐喻。

1958年，陈寅恪已成学术界“拔白旗”的对象。他不再教课。他说：“他们不要我的东西，不是我不教。”他依然坚持用文言文写作，坚持用繁体字竖排出版自己的著作。

1961年8月，阔别12年的挚友吴宓来访。陈寅恪把《论再生缘》油印本作为礼物送给吴宓，还透露了自己正在撰写的一部宏伟著作的大纲，这就是后来的《柳如是别传》。

书写得很艰难。为了这部85万言的百科全书，陈寅恪用去整整10年。柳如是的遭际，触动了他对经历了洋务运动、戊戌变法和抗日战争的家族以及自己身世的感怀。这部“痛哭古人，留赠来者”的书，忽庄忽谐，亦文亦史，极其丰富的史料与穿插其间的陈寅恪的感悟融为一体，浓缩了他一生的学养和志趣。也许，晚年的陈寅恪是以这种智力较量来安慰他那寂寞的心境。

《柳如是别传》完成于1964年，陈寅恪74岁。五年后，1969年10月7日，陈寅恪走完了他79岁的生命历程。弥留之际，他一言不发，只是眼角不断流泪。

陈寅恪没有留下遗嘱。

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