隋文帝灭陈统一全国后，高汤大惧，认为隋朝接下来会撤藩，于是“治兵积谷，为守拒之策”，随时准备迎接隋朝大军。藩属国这种“无礼”的举动，一时激怒了隋文帝。开皇十七年（597年），隋文帝致书高汤，责问他是何居心，并说:“辽水之广，何如长江？高句丽之人，多少陈国？朕若不存含育，责王前愆，命一将军，何待多力！”高汤谢罪后，不久病死，其子高元即位，隋文帝仍不计前嫌地封高元为高丽王。

事情到此，本是一个两全其美的圆满结局，但高元却是一个不让人省心的主儿，他不满足于现有的高句丽王土、百姓，而是满脑子的扩张念头。开皇十八年二月，高元率靺鞨万余骑兵侵扰辽西，隋文帝大怒，即命汉王杨谅等率大军30万，分水陆两路进攻高句丽。由于粮草不济、疫病流行和其他自然灾害的原因，水陆两军还没有和高句丽开战就被迫退还，死者十之八九。这时，高元也害怕把事情闹大了，连忙派使者前来谢罪，上表自称“辽东粪土臣元”，于是隋文帝罢兵，待之如初，但隋朝和高句丽的关系也因此有了隔阂。

隋炀帝即位后，作为藩属国的国君，高元应该亲往长安觐见祝贺，但他却没有这么做，只是派使者前去应付，这让隋炀帝感到很窝火。高元做出此举，是因为他外与突厥、契丹、靺鞨主动交好，内部国力大增、军力强悍、国土扩大，以至于产生自大和忘本思想，忘记了自己藩属国的身份地位，居然不把泱泱大隋帝国放在眼里了，这是让隋炀帝无法接受的。大业三年（607年），隋炀帝到突厥视察时，无意间看到了高句丽使者在此，就向他宣旨:“朕明年当往涿郡，尔还日语告高（句）丽王，宜早来朝，勿自疑惧……苟或不朝，将率军民往巡彼土。”

不料，这种善意而又带有威胁的提醒，却遭到了高元的拒命，于是隋炀帝决定攻打高句丽。从大业八年正月到大业十年二月，隋炀帝连续三次征伐高句丽，但讨伐的结果却大大出乎了他的意料—前两次大败而归，第三次虽取得胜利，可终究没有收服高句丽。其实，隋炀帝攻打高句丽，并不是因为看到高句丽的逐渐强盛和对隋朝的日后遗患，而是出于一己之私，好大喜功。大业十二年，隋炀帝三游江都时曾作诗一首，其中两句就道出了他三次攻打高句丽的原因:“我梦江都好，征辽亦偶然。”因为出兵高句丽，隋炀帝失去了民心，失去了国家，最后穷途末路，死于非命。如此严重的国家大事，竟然出于偶然，难怪《隋书》会这样评价炀帝攻打高句丽这件事:“内恃富强，外思广地，以骄取怨，以怒兴师，若此而不亡，自古未闻也。”

如果说隋炀帝攻打高句丽完全是出于小孩子脾气的“无厘头”行为，那么雄才大略、被后人称为千古一帝的唐太宗也不遗余力地攻打高句丽又是为何呢？不愿意让高句丽做大做强是一方面，最重要的是高句丽人对中原王朝的极端羞辱和公然挑衅。原来，隋军撤退后，高句丽人把隋军阵亡将士的尸骸堆积起来，构成了一道毛骨悚然的“景观”，供其国人观赏。此举，足以看出高句丽人的残忍和丧失人道。唐太宗知道后，义愤填膺，于贞观五年（631年）派人去高句丽收葬了阵亡将士的骸骨，并予以祭奠。

收葬、祭奠壮士的骸骨和亡灵，本是一件天经地义的事情，不料却引起了高句丽人的万分恐惧。高句丽人自扶余城西南行至海，修筑了长达一千余里的“长城”，“以资防御”。此时唐太宗考虑到唐初经过连年战争，将士伤残，国力衰弱，需要一段时期的休养生息，所以迟迟没有动手。其间，高句丽发生了宫廷政变，唐太宗没有插手，仍然遣使册封高藏为上柱国、辽东郡王、高句丽王。隐忍勃发，是唐太宗的一大优点。向突厥称臣纳贡12年都过来了，何况现在？此刻，唐太宗需要的是积攒力量，等待时机。

贞观十七年，高句丽联合百济攻取新罗40余城，新罗危在旦夕，向唐朝请求援助。此时的唐朝，经过十余年的“贞观之治”，国力强盛，兵强马壮，于是唐太宗决定攻打高句丽，彻底解决这个由来已久的“顽症”。贞观十九年，唐太宗以高句丽“残虐其民”、“侵暴邻国”、“违我诏令”为由，凭借“辽东本中国之地，隋氏四出师而不能得。今朕东征，欲为中国报子弟之仇，雪君父之耻耳”的话语，说服了众人，于是命刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，自己率军从洛阳出发，御驾亲征高句丽。唐军渡辽水，在初胜后，却在安市城（今辽宁海城八里镇营城子村）碰到了极善守城的高句丽人的顽强阻击。因为急于求成、用兵仓促，结果唐军遭遇失败。而薛仁贵就是在这场战役中脱颖而出、一战成名的。兵败后，唐太宗被迫班师，数万将士殒命沙场。

唐太宗带着遗憾离世后，唐高宗继承了父亲遗志，任用文韬武略、成熟稳健的薛仁贵等人，历经新城、金山、扶余、平壤四大战役，终于将高句丽消灭，并在平壤设置安东都护府。自此，这场历经两朝四代、历时70余年、先后出兵十余次的平定高句丽战争宣告结束。

唐王朝统一高句丽的过程中和统一之后，又对高句丽人采取了内迁的政策。先后被迁徙到内地的高句丽人有近一半或三分之一强，约有23万～28万人，广泛分布于今天的北京、山西、江苏、安徽、河南、湖北、四川、陕西、甘肃等省市。在唐王朝内迁高句丽人的同时，新罗也趁机掳掠和接纳了部分高句丽人，加上之后它采取积极向北扩张的政策，占据了部分高句丽政权的领土，约有不到十万（不到高句丽人总人口的八分之一）高句丽人加入到了今天朝鲜族先民建立的新罗政权中，成为今朝鲜族的先民，而其余高句丽人则散入靺鞨突厥等我国历史上的其他民族之中。也就是说约八分之七的高句丽人融入到了中华民族之中，成为中华民族大家庭的一员。