要查，蒋介石碰到的第一个困难是，孔祥熙不在国内。1944年6月，孔祥熙被派赴美，出席国际货币基金世界银行会议。他患有膀胱结石病，会后即留在美国治病。1945年4月10日，蒋介石致电在纽约的孔祥熙，指出在停售美金公债后，仍有1100万余债券在继续交易，应予追缴。电称:“拟查美金公债剩余部分有壹千壹百余万元，预定户在停售受，付价给券，不合手续，应即将此壹千壹百余万元之债券，饬令该行经管人员负责，全数追缴归还国库，不得贻误，并将追缴之确数呈报。”4月11日，孔祥熙复电称:“此事当时经过实情为何，弟不详悉，已将钧电转主管局长迅剋遵办，并严令责成负责，追缴齐全。俟弟病稍愈，即当回国亲自处理。”说“不详悉”，不是不清楚，也不是很清楚，可进可退；至于“迅剋遵办”，“严令责成”等语，都是老于官场的说法。

通过追查，蒋介石已经初步掌握案情，但是，孔祥熙不回国，调查难以深入。4月14日，蒋介石日记云:“美金公债舞弊案已有头绪，须待庸之病痊回国也。”接到孔的复电后，蒋介石很失望，4月30日日记又云:“接庸之电，令人烦闷，痛苦不知所止。”“中央银行问题甚难解决也。”中央银行长期掌控在孔祥熙手中，其势力盘根错节，蒋介石已经感到，美金公债舞弊案和中央银行的问题比较棘手。

后来，蒋介石逐渐发现，有大量债券去向不明，曾经在日记“杂录”栏中记下了一组数字:“美金公债案；甲、各省市售出四千三百万元。乙、国库局交业务局五千四百万。丙、预售户有收据者只四千二百万。丁、尚差数一千六百六十余万元。”这1660余万美金公债的差额就是蒋介石要追查的地方。5月22日，蒋介石因中央银行业务局的黄金舞弊案发现重大嫌疑，电召孔祥熙速回。

同年5月5日，国民党在重庆召开国民党第六次全国代表大会。19日，选举国民党新一届中央委员。长期以来，孔祥熙的贪渎名声早已流传在外，口碑甚坏，但是，孔是蒋的姻亲，宋蔼龄、宋美龄都“护孔”，蒋在财政上也要依赖孔，因此，外间虽反孔，而蒋介石却常加维护。选举中，孔祥熙和粮食部长徐堪的票数都很低。后来选举常委时，孔祥熙竟至于落选。蒋介石感叹地在日记中写道:“其信望坠落至此，犹不知余往日维持之艰难也。可叹。” 同月28日，六届一中全会开幕，任务之一是解决行政院的改组问题。1938年1月，孔祥熙任行政院长，至1939年11月，蒋介石自兼行政院长，孔祥熙改任副院长。此后，社会“反孔”情绪更趋强烈，蒋介石不能不考虑“换马”。六届一中全会期间，蒋介石日记云:“为庸兄副院长职务亦甚烦恼，但为党国计，不能不以公忘私也，苦痛极矣。” 从这一页日记不难看出，蒋介石既想甩开孔祥熙而又难于决断的矛盾心理。次日，蒋介石宣布，他本人和孔祥熙分别辞去行政院正副院长职务，改以宋子文、翁文灏充任。6月1日，蒋介石考察干部状况，在日记中写下了他对孔祥熙的考语:“（庸之）不能为党国与革命前途着想，而徒为本身毁誉与名位是图。”至此，孔祥熙不仅在政治上失势，在蒋介石心目中的地位也很不堪了。