1903年5月15日，后藤新平在曾爆发过大规模抗日群众起义的云林县六斗镇召开秘密会议，布置大屠杀的有关事宜。参加会议的有全岛各地的日籍厅长、支厅长、守备队长、宪兵分队长，一共100多人。

后藤新平在会上说，这些放下武器的所谓“归民”，虽然洗手不干了，但一有风吹草动，他们又会出来作对。因此，必须毫不犹豫地将他们杀掉。

5月25日早饭后，全台各地的“归顺者”按日方通知的时间，陆续到达会场。当主持“归顺仪式”的日籍官员念到仪式第二项鸣炮时，爆竹噼噼啪啪响了起来。这时，日军现场总指挥、警视总长大岛下达了屠杀命令。只见荷枪实弹的日军从四面同时冲向会场，举枪向“归顺者”猛烈扫射。由于猝不及防，“归顺者”纷纷倒地，陪同来的亲属和乡亲，吓得惊恐万状，放声大哭。

六斗是主会场，人数较多，在枪响的一瞬间，一些“归顺者”奋力冲出包围圈，夺路而逃。知名抗日人士简水寿因冲在最前面，加之奔跑速度奇快才侥幸逃脱。据目击者说，六斗会场血流成河，被击毙者有的肠子被打出，有的头部开了花，没有断气的日军用刺刀猛刺，惨不忍睹。在场的刽子手看到倒在地上横七竖八的尸体，却哈哈大笑，庆祝这一仗打得很成功。

事后，日方公布25日“大扫除”被屠杀的台胞为265人，但目睹过事件的群众都说实际被害者达千余人。