据史料记载，后藤新平在台期间，先后数次对抗日群众和平民进行“大讨伐”、“大扫除”、“大搜捕”，屠杀、关押台胞不下10万人。仅在扫荡占阿瑞、黄茂松起义事件中，他就屠杀了1万多台湾人，而且手段极其残忍。

更令人愤慨的是，被后藤新平屠杀的民众，有很多是早就停止反抗并放下武器的农民，还有不少是无辜的妇女和儿童。后藤新平在台的大屠杀，曾引起国际社会的公愤，西班牙、英国在台湾的传教士，还曾在报刊上对他滥杀无辜的行为进行过强烈谴责。

制造血腥“大扫除事件”

1901年后，儿玉源太郎、后藤新平见抗日义军越杀越多，反抗运动难以平息，决定采取一手围剿，一手收买的办法。这一策略果然奏效，到1902年，台湾中部、北部、南部的一些抗日义军相继放下了武器。

尽管如此，后藤新平等人对他们还是不放心，经常派便衣特务对他们进行盯梢、监视。为了彻底扑灭台湾民众的抗日运动，后藤新平精心制定了一个屠杀计划——“大扫除方案”。其步骤是，1903年5月25日在全岛多处统一搞欢迎抗日义军“归顺政府”的“总括性归顺仪式”，将参加过抗战的群众诱骗到场。