然而，来自印尼政府的反应却显得十分勉强，他们对调查委员会的报告或批评，或反驳、或沉默，甚至还有人对报告的真实性表示怀疑。11月4日，国防部长兼武装部队总司令维兰托公开为军队辩护，反驳调查委员会有关怀疑军队参与骚乱的分析，指出战略后备部队5月14日召开的军官大会只是一般例会，并不涉及任何犯罪行动及颠覆行动，他还批评调查委员会不应作出类似的分析结论，而应提供具体的事实证据，但他最后也表示尊重调查委员会的工作，并承诺将采取具体步骤，将调查工作继续坚持下去，武装部队情报局长也发表声明，否认骚乱期间发生了集体强奸事件，但武装部队将继续研究和调查事情真相，而到11月10日为止，调查委员会的直接负责人 --印尼总统哈比比还未就此事正式表态。只是要求6位部长就报告的相关内容进行讨论和研究。

报告背后仍有故事

有舆论认为，虽然调查报告证实了强奸案的存在，但却在骚乱程度上故意作了“淡化处理”。同时，报告内容和结论存在着许多遮掩痕迹，显然是调查委员会内部妥协或受外界压力的结果。比如，调查报告在承认5月发生了大规模的集体强奸华人妇女案件的同时，却又强调没有足够证据表明强奸是有组织的行为；对于骚乱发生的背景和动机，也让人感觉到有“欲说还休”的苦衷。在受害妇女的人数上，调查委员会公布的数字与一些人权组织公布的数字相差甚远，据印尼与国际救援组织的估计，5月骚乱中被强暴的华裔妇女至少有160至180名，其中20人已死亡。据分析，造成这种数字差距的原因有两个:一是被强暴的女性及其家人，为生命安全及名誉，不愿也不敢报案，作为证人的处境也差不多；二是印尼5月骚乱过后，局势一直未能恢复平静，各种暴力事件此起彼伏，受害者或其家人屡遭恐吓。同时，一些政府军政要员又纷纷表态，否认5月强奸案的真实性，使受害者及证人对政府丧失了信任感，这在很大程度上阻碍了调查委员会的取证工作。10月，雅加达市区又发生了一起离奇的入室谋杀案，遇害人是一名负责帮助5月骚乱中受害女性恢复心理健康的女志愿工作者，事后警方将此案定为普通的抢劫杀人案，这件事也无形中加重了5月骚乱受害者及证人揭露真相的心理负担。