在外交斗争的同时，晚清时代艰难起步、屡败屡战的中国海军，也勇敢担当起保卫海疆的重任。曾在威海卫与日军血战的北洋水师管带(舰长)萨镇冰，此时已成长为中国海军的最高将领，担任广东水师提督，兼任南北洋海军统领。

1908年，萨镇冰派出飞鹰号兵舰和海关的舰只两次巡查东沙群岛。飞鹰号是19世纪90年代从德国购进的，时速高达30海里，是甲午战后中国海军的主力舰艇之一。该舰管带黄钟英等官兵走访了尚在东沙海域坚持捕鱼的中国渔民，发现庙宇虽被日本人拆毁，地基和石块还能辨认，众多渔民纷纷提供在此长期生产生活的证据，控诉日本侵略者的暴行。

最终，日本方面在确凿的人证物证前哑口无言，1909年，被迫承认东沙岛为中国固有领土，侵占该岛的日本人撤离，将该岛交还中国，并且赔偿中国渔民的损失，补交侵占期间中国损失的税款。

在反抗日本侵占东沙的斗争中，中国渔民坚持在第一线，清朝中央外交机构、地方政府和海军密切配合，进行了有勇有谋、有理有节的斗争，取得了晚清反侵略史上罕见的全面胜利。

此后，清朝更加重视对南海渔业资源和中国渔民的保护，水师提督李准和副将吴敬荣、刘义宽等，率兵170人分乘“伏波”、“深航”诸舰，巡视西沙和南沙群岛并于永兴岛升旗鸣炮，公告中外，重申南海诸岛为中国领土。清朝政府本来打算在南海诸岛进一步加强守备，建立无线电台，后由于辛亥革命爆发未能实现。（特约主笔　孙力舟）