S-400防空导弹系统即采用了S-300系统所用的导弹，也推出了自己独有的新型导弹。

S-400防空导弹系统的新型导弹：9M96E(前)和 9M96E2(中)，这两种导弹射程分别为40和120公里，虽然较S-300PMU2系统里的48N6E2导弹(后)的200公里射程近一些，但是体积小速度快，在同一发射筒里可储存4枚，适宜用于反导拦截。