X-43A的第一次试飞是在2001年6月2日进行，但很不幸的该次飞行是以失败收场。由于试飞过程中，飞马座火箭要穿越音障的瞬间发生预期外的共振问题，导致火箭失控偏离了预计的飞行路线，为了安全考虑控制人员启动机身上的自爆装置主动摧毁了X-43A，而没有达到预期的成果。