1961年，以李光耀为首的“反共分子”与党内的“亲共分子”决裂。1963年7月，李光耀在伦敦与马来亚政府达成协议，“星马”合并。合并后的马来西亚联邦政府与李光耀主导的新加坡自治邦政府采取行动，逮捕了新加坡的多名“马共”高层。

“星马”合并后，马来西亚联邦政府与新加坡自治邦政府在种族、经济等多项政策上很快就产生严重的分歧。新加坡最终在1965年被驱逐出马来西亚联邦，并于8月9日被迫宣布独立。

新加坡独立后，李光耀和其领导的人民行动党积极推动经济改革与发展，成功使新加坡在三十年内发展成为亚洲最富裕繁荣的国家之一。今天的新加坡政府以高效率、廉洁而闻名，人民生活水平较其他亚洲国家高出许多。

1990年，李光耀辞去总理职务，但是留任内阁资政至今。他始终提倡“亚洲价值观”，认为亚洲国家不需要完全依照西方的价值观行事，认为西方民主不能强加给亚洲人民。

李光耀在1976年5月首次访问中华人民共和国，与中国历届领导人都有友好交往，在李光耀的促成下，海峡两岸曾经在1993年在新加坡举行“汪辜会谈”，极具象征意义。

1990年10月3日，新加坡宣布与中华人民共和国建立外交关系，成为在亚洲绝大多数国家之后，与中华人民共和国最晚建交的亚洲国家之一。此前，李光耀曾多次表示，新加坡将会是东盟中最后一个与中华人民共和国建交的会员国。