事发地点丰后水道（红点处）是日本海上要冲，并临近重要军港

事发日美海军重要出海口

发现外国不明潜艇的丰后水道，是美军和日本自卫队从重要海军基地吴港通往太平洋的重要出海口，该港是日本四大军港(横须贺、左世保、吴、鹤舞)之一，属于日美太平洋地区防务第一岛链中的重要军港，该区域也是日美在亚太反潜网中密度最大的防区之一。外国潜艇能自由出入丰后水道，说明号称具有亚洲第一、世界第二的反潜网的日本海上防卫其实是漏洞百出。一旦发生战事，如外国军队能在此海域短时间内部署攻击型潜水艇，不仅可以直接攻击日本本土，还可以利用潜水艇布置大量水雷，阻止日美军事行动。

“潜艇来自中国”不符合事实

“不明潜艇”进入领海事件引起日本媒体哗然。9月16日，在防卫大臣林芳正举行的记者招待会上，有记者严厉地问道：对于海上自卫队没能掌握潜水艇的种类，途中又让它溜掉，您是怎么考虑的？

林芳正回答说：我觉得在用声纳追踪方面，在各种各样的状况下，现场诸君尽了最大的努力，但是还是发生了这样的事情，今后我们要事先认真研究，如果发生了同类的事情，应该怎样应对的问题。

也有日本媒体和军事专家怀疑此潜艇为中国潜艇。日本《产经新闻》报道说：针对日本政府相关人士说此潜水艇为中国潜艇一事，中国外交部向日本驻北京的大使馆提出了抗议。

在同日上午的记者招待会上，日本内阁官房长官町村信孝则说：一些媒体的报道说政府认为这艘潜水艇来自中国，这不符合事实。