不管机构设置细节如何，将司法从铁路企业剥离出来，是众望所归的一个改革。最高人民检察院原铁路检察厅厅长陈振东向南方周末记者表示，“铁路司法脱离铁路”从他三十年前进入铁道部工作就喊个不停，到现在了仍然是雷声大雨点小，现在已经到了不改已无法容忍的地步。他以二十多年的亲身铁检经历，见证了这个制度的重重弊端。

陈振东认为，最大问题就是铁路两院人、财、物不独立，导致司法不公。铁路两院的人员编制，目前仍属于企业和事业编制。他们并没有纳入国家司法人员序列，仍属于铁路局(或公司)的内部编制。其人事、法律职务均由铁路局党委任免。两院人员的工资、奖金、办案经费、办公设备等一切经费开支都由铁路局承担。陈认为，显而易见，这种司法体制无法消除铁路的部门保护主义，不利于当事人合法权益的平等保护。

2007年山东女孩刘珊珊在重庆万州火车站被火车轧断双腿，火车站按照旧规定，只愿意赔付300元。此事在全国引起巨大震动。刘珊珊的代理律师段茂兵说，从一开始，他和当事人就不相信铁路法院会公正审理此案。段茂兵说，从这个案子也反映出了目前铁路法院存在的问题，当事人将涉及铁路的案子起诉到了地方法院，但是由于专属管辖权的问题，当地地方法院又把案子转交给铁路法院，这期间就会浪费当事人很多时间。而铁路企业常规的方法就是利用提出“管辖异议”的时间来拖延案件的审理。段茂兵曾以市人大代表的身份提出取消铁路法院的提案。他认为，全国范围内，铁路法院法官也就三千多个，人数不是很多，根本没有专门成立铁路法院的必要。

前述郑州铁路检察分院人士肯定地表示，全系统的人都希望尽早摆脱“铁路”，一方面能解决公务员身份，另一方面深陷“儿子审老子”的怪圈，让他们也很尴尬，但又不能说出口。

改革的过去与未来

为什么铁路公检法的改革会拖延这么久，多数人认为，除了保障铁路特殊性的考虑外，利益的博弈是更显著的问题，相关部门当然希望能一直享受永不败诉的“法律福利”。陈振东说，铁路两院一直缺乏监督制约，是名副其实的“独立王国”。铁路系统没有设立人民代表大会及其常委会的权力机构。铁路两院的司法情况，既不向权力机关负责并报告工作，又不受权力机关的监督和制约。陈表示，铁路两院虽然受所在地省级人民检察院的领导和高级人民法院的审判监督，但因铁路两院的设置是跨行政区域的，省级院对其业务指导也鞭长莫及。如上海两院管辖横跨三省一市，难以有效进行业务指导。

铁路司法系统内多数意见认为，铁路具有高度集中统一、大联动的小社会、半军事化管理的特点，作为专业司法机构保留仍有必要。陈振东的观点是，这个改革实质性的问题，也是关键问题，是处理好铁路两院人、财、物的归属和保障机制的建立，把铁路两院的司法体制纳入国家的司法序列。可以考虑经费保障国家财政部在铁道部上缴国家运营收入中，按照铁路两院的经费预算，拨付给“两高”，按照各铁路两院的实际情况核定标准，专款专用，接受同级纪检监察及审计部门的监督。

据记者了解，铁路司法转制的过渡期将有三年，比较一致的说法是，将比照当年铁路医院和学校改制的做法，前三年财务先由铁路负责，后三年由地方财政负担。

铁路司法内部人士均坦陈，转制带来的最现实的利益，就是稳定的公务员身份和两倍于现在的企业退休工资。一些地方已经作出规定，在今年12月31日前退休的职工将不带入公务员序列，但其工资差距将会如额补齐。