1937年12月22日夜日军从清河镇以南渡过黄河，谷良民部退至周村。韩复榘决定将省府再迁曹县，命令向黄河以北发炮百余响，并留十二军军长孙桐萱断后，将省府各要害机关房屋烧掉，向南撤退。

得知韩复榘要撤离，蒋介石急电韩复榘死守济南，不要撤退，但韩接电时已到泰安。李宗仁来电要韩复榘守泰安天险，韩复榘回电称:“南京不守，何守泰安？”蒋介石再电韩复榘死守泰安时，韩已退到济宁了。李宗仁接电后，认为韩复榘无视军令，不顾国家大体，擅自撤退，破坏抗战，心中异常恼怒，遂向蒋介石建议严办韩复榘。此时，蒋介石也觉得韩复榘这个人靠不住，他既和土肥原有勾结，又和刘湘有联系，外传他还想撤到汉中，再联想到韩对闽变和西安事变所持的态度，更觉韩复榘实在可疑、可恨，便存心要处置他了。

被诓开封命陨武昌

撤到济宁的韩复榘心烦意乱，他令省府再迁宁陵，并把总指挥部参谋长等人赶到巨野，部队分布到济宁、兖州、嘉祥、邹县一带，自己带着一个通讯队留在济宁。通讯队长是个女的，回民，曾获山东武术比赛优胜，兼作韩的镖师。

1938年1月7日，日军桑田部抵济宁东面的八里铺，沼田部也向济宁以东逼进。见两路敌军来势甚猛，韩复榘遂放弃济宁，退集曹县、单县、成武、金乡等地，准备进入河南，以图东山再起。

1月11日，蒋介石、白崇禧到开封召集北方将领军事会议。李宗仁电令韩复榘前去参加。但韩复榘因有擅自撤退一节，心怀忐忑，不敢前往。同时他接刘湘密电:开封会议于兄不利，最好借故不去参加。于是他推说军事吃紧，复电不能前往。李宗仁接韩复电后，即上报蒋介石。蒋介石则要蒋伯诚再去电，务必要韩复榘到会。蒋伯诚即去找韩复榘驻开封代表靳文溪，对他说:“蒋、韩过去有些误会，只要一见面就自然解释清楚了。要是不来，意见越深，闹下去，我看对他不利。我也和向方共事多年，彼此肝胆相照，故此说这些话。只要他肯来，我保他没事。”靳文溪相信了蒋伯诚的话，就给韩复榘发去一个电报，说蒋伯诚在开封等他，并且和老蒋谈妥，一切误会见面后可解决。韩复榘这才改变主意，决定到开封参加会议。

听说韩复榘前去开封参会，总指挥部的幕僚人员大吃一惊，急忙乘车追赶拦阻，然而此时韩复榘的车队已出省界，追赶的人只得怏怏而回。

抵达开封后，韩复榘受到河南省主席刘峙、武汉来的白崇禧和徐州来的李宗仁的热情接待，他的卫队也安置在了他住的地方。韩复榘见此情形，心中安稳了许多。

然而，蒋介石最后还是将韩复榘扣了起来，并随即解赴武汉，押在武昌市平阅路33号内院一座小楼上，此处在“委员长武昌行营”斜对过，是军事委员会调查统计局所在处。

1月23日国民政府下令免去韩复榘的所有职务，委任沈鸿烈为山东省政府主席，韩复榘的第三集团军总司令一职由十二军军长孙桐萱继任。随后指派何应钦、鹿钟麟、何成溶为审判官，徐业进、贾焕臣为军法官，组成最高军事法庭，以鹿钟麟为庭长，会审韩复榘。

不久，武汉的报纸根据法庭的公报，堂之皇之地报道了大审韩复榘的消息。可此时韩复榘却还什么也不知道，他并未出庭，也没人要他出庭。最后，法庭经过研究来了个缺席审理，给韩复榘定了十大罪状，判处死刑。

这十大罪状是:一、违抗命令，擅自撤退；二、按兵不动，拥兵自保；三、勾结日寇，阴谋独立；四、收缴民枪；五、纵兵殃民；六、派销鸦片；七、破坏司法独立；八、擅征和截留国家税款，破坏税制；九、侵吞国防经费；十、扰乱金融。

1月24日晨，有人上楼对韩复榘说:“何部长请韩主席。”

韩复榘便由楼上走下来。刚走到楼梯底，身后忽然枪响，韩复榘一惊，大呼:“有，有刺客！”接着又是一枪响，韩复榘立定不动，随即枪声再响，他倒了下去。

韩复榘死时48岁。

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