船到上海，陈独秀回到渔阳里2号就任中共中央局书记。刚一上任，陈独秀就从李达那里得知马林不尊重中国同志，态度傲慢，擅自处理一些问题的情况，还听说马林曾公开表示“一年以来，第三国际在中国用了二十余万，而成绩如此，中国同志未免太不努力”。生性倔强的陈独秀立即驳斥说:“我们哪里用了这样多，半数是第三国际代表自己拿去住洋房吃面包，如何诬赖别人?”与此同时，陈独秀也责问张国焘:“你为何向马林提出劳动组合书记部计划和预算，而且对于工作人员还规定了薪金，等于雇佣革命，中国革命一切要我们自己负责的，所有党员都应无报酬的为党服务，这是我们所要坚持的立场。”他还多次在党的会议上说:“我们没有必要事事都要依靠第三国际，听马林的。马林以共产国际自居，他马林就是共产国际？他要我们听他的，牵着我们鼻子走。否则，不听他的，就是不听共产国际。”在上述分歧尚未解决之前，马林依然自行其是，这进一步加剧了他与陈独秀之间的矛盾。当接到共产国际远东书记处指示，在中国、朝鲜、日本选派代表参加远东人民代表大会时，马林没有征求中共中央的同意，事前也未同陈独秀商量，就擅自派遣担任其翻译的中共党员张太雷赴日工作，并要张太雷别告诉党内其他同志。陈独秀对此事极为不满，认为马林简直是胡作非为，藐视中共中央，他表示不与马林见面，并拟要求共产国际撤换马林的代表职务。

只是在张国焘的一再劝说下，陈独秀才勉强见了马林。在马林下榻之处，张国焘向马林介绍说:“马林先生，这位是中国共产党中央局书记陈独秀先生。”“欢迎，欢迎，陈先生，你终于回上海来了。”双方寒暄几句后，马林就用严肃的、带有命令的口吻说:“第三国际是全世界共产主义运动的总部，各国共产党是第三国际的支部。所以，中国共产党应在共产国际统一领导下。陈独秀同志，你如果是真的共产党员，就应该听共产国际的。”陈独秀一听猛地站起来对马林说:“中国革命有中国的国情，目前也不需要国际的经济援助，中共的工作，也无需样样依靠国际，我们有我们的独立性。”马林气得无言以对，双方第一次会面就这样不欢而散。就在双方围绕共产国际经费援助等问题争执不下时，陈独秀的突然被捕，却使他与马林的关系出现了转机。

谅解和合作

1921年10月4日下午4时，法租界巡捕因陈独秀与马林接触而闯进陈宅，见屋中有大量禁售刊物《新青年》而将陈逮捕。同时被捕的还有陈独秀的妻子高君曼，党的干部杨明斋、包惠僧、柯庆施等，但巡捕认不出谁是陈独秀。

在巡捕房登记时，陈独秀化名王坦甫，其他人也用了假名。不久，北京众议院副议长、上海法学院院长褚辅成和邵力子因到陈独秀家中拜访也先后被捕。在巡捕房褚辅成一见陈独秀就说:“仲甫，怎么回事，一到你家就把我带到这儿来了！”于是，陈独秀的身份暴露。褚辅成、邵力子则在查明身份后被释放。在牢里，陈独秀嘱咐大家不可说出共产党的真实情况，一切都推在他身上好了，以争取其余人先行获释。陈独秀说:“我家里有马林的信件，如果被搜出来可能要判七八年刑。我打算坐牢，你们出去继续为党工作。”陈独秀还感慨地说:“现在的统治者们既这样无情的压迫我们，我们只有和共产国际建立更密切的关系，不必再有疑虑。”

陈独秀的被捕引起社会各界的强烈反应并纷纷组织营救。在强大的社会舆论压力下，10月26日，法庭判决陈独秀私藏《新青年》杂志，罚白银500两结案，当天陈独秀获释。陈独秀了解到自己能顺利出狱，除了社会各界营救之外，马林花了很多钱，费了很多力，打通了会审公堂的各个关节，并请了著名的法国律师巴和出庭辩护。陈独秀出狱当天，张太雷即来到陈独秀住宅，转达了马林对他的慰问，并说:“如果不是不方便，马林是要亲自来慰问的。”见此情景，包惠僧对陈独秀说:“这一次，马林和陈先生及中国共产党算是共了一次患难，你要当面好好谢谢马林。”陈独秀原本是个很重感情的人，这件事无形中消除了他对马林的误解，他接口说:“惠僧说的对，要不是他的营救，这个案子不会很快顺利了结。过几天，我一定去当面向马林表示谢意。”以前一切的争执都因这一事件而烟消云散。

10月27日，陈独秀以书记的身份召开中央会议，除决定《共产党》月刊继续出版、将《新青年》复刊外，会议主要通过了原张国焘提出的组建中国劳动组合书记部的计划和预算草案，但做了个别修正。主要是工作人员的待遇不再称薪金或工资，而称之为生活费，其标准也由原来的每月20元至35元减低到以25元为最高额。会议关于党员生活费问题还特别指出，原则上共产党员应无报酬地为党工作，现在所规定的生活费只给予一部分非此即不能维持生活的工作同志。党员要更接近劳苦大众的生活，个人生活消耗少些，直接用于工作的费用就会增加，领取最低生活费是一个共产主义者最宝贵的精神品质。有关党员最低生活费的精神在会后以中央通告的形式传达给全党同志，并获得了党员的一致赞成。

会后，陈独秀在张国焘、张太雷的陪同下特地拜访了马林。马林一扫过去盛气凌人的架势，表示“中国党的一切工作完全由中共中央负责领导，作为共产国际代表的我，只与中共最高负责人保持经常接触，商谈一般政策而已。”陈独秀也诚恳地表示:“中共拥护共产国际，对其代表在政策上的建议自应尊重。”此后，陈独秀与马林经常见面，毫无隔阂地商讨各项问题，中共中央计划也按时送交马林一份，马林从未提出过异议，陈独秀也经常将马林的意见向中共中央会议报告。陈独秀与马林还具体规定了中国共产党接受共产国际补助经费的办法。从此，中共接受共产国际的领导和经费援助便成为经常了。据杨奎松所著《毛泽东与莫斯科的恩恩怨怨》一书记载，从中共“一大”召开后陈独秀给共产国际的报告中可以看出，“自1921年10月起至1922年6月止，由中央机关支出17655元，收入国际协款16655元，自行募捐1000元。”另据《共产国际、联共（布）与中国革命档案资料丛书》第一卷《联共（布）、共产国际与中国革命运动（1920-1925）》一书记载，1922年12月共产国际通过的《中国共产党1923年支出预算》每月支出为:《向导》周报，210元金卢布；《工人周刊》，40金卢布；印刷传单、宣言等，60金卢布；组织员和宣传员的费用，汉口、湖南、上海各60金卢布，北京80金卢布，香港、广州各40金卢布，山东30金卢布；两名中央委员旅差费100金卢布；两名固定宣传演讲员的食宿旅差费120金卢布；意外开支100金卢布，总计月支出1000金卢布，总计年支出12000金卢布。1924年实际得到活动经费约36000金卢布。即使有共产国际的经费援助，中国共产党的经济状况仍很紧张。1924年9月7日，陈独秀给共产国际维经斯基写信称:“我们党的经济状况很严重。由于经费不足许多方面的工作处于荒废状态。我们希望您立即从共产国际和红色工会国际给我们寄7、8、9、10月份的钱来。”此后，从1925年至1927年，共产国际给中国共产党的经费援助不断增加，中共经费短缺问题也有所缓解，中国革命得以在中国共产党的领导下迅速向前发展。