1899年下半年山东义和团以“扶清灭洋”为旗帜，逐渐发展。高密等地群众反对德国修筑胶济铁路的浪潮也日形高涨。11月2日，意大利企图租借三门湾未果以后，又派军舰多艘在烟台海面游弋，想在瓜分中国的宴席上也能捞到一块肥肉。这时，刘坤一给北洋大臣裕禄写了一封信，说明:“现在广州湾尚未了结，意人又欲占我浙江之三门湾、山东之庙岛”。“德国耽耽逐逐，垂涎山东，不久恐有变动，万一沂州有失，则南北声援中断，来往不通”。因此，他建议于武卫军袁世凯、董福祥、聂士成、宋庆中间“拨一军赴沂，方为力势雄厚，可支劲敌”。望裕禄与荣禄“熟筹之。”（《刘坤一遗集》，第5册，第2257页。）在刘坤一、袁世凯一再提示下，清廷于11月10日谕令，命令他抽调武卫右军一部进驻沂州，就近防范外敌（《义和团档案史料》，上册，第38页。）。

袁世凯奉命后，命令武卫右军左翼翼长姜桂题率领步军2营，骑兵2队，炮兵1队共3500人分别于11月30日和12月1日，从小站出发开赴沂州，这为袁世凯出任山东巡抚打下了基础，是先声。

义和团兴起于山东后，历任山东巡抚李秉衡、张汝梅和毓贤，在不同程度上，同情并间接或直接地支持义和团，毓贤尤为显著，这是山东义和团迅速发展的一个重要因素。毓贤对义和团更是“一味纵容，并出示讽煽”；“匪民自谓奉官所允，又为法所不禁，兵吏均不敢逼前，”（《袁世凯致徐世昌函》，载《近代史资料》1978年第二期，第19页。）促进了义和团的发展。

既要防止德国等帝国主义继续入侵，又要防止民教纠纷引起教案，两者既有严格的区别，又有联系。外国的侵扰，引起人民的反抗，引起教案，而教案又往往为列强进行扩张、发动战争的藉口。对此，愚昧守旧、盲目排外的毓贤无能驾驭局势，只能是“自己怕洋人而煽动百姓与人闹事。”（《袁世凯致徐世昌函》，载《近代史资料》1978年第二期，第20页。）这引起了列强公使对他的不满。1899年12月5日，美国公使康格径向总理衙门提出，要求撤换毓贤，派一个能干的人去代替他的职位，以平息山东民教纠纷；假如没有足够武力的话，可把天津操练得很好的军队调去协助（《美国对外关系》，第2卷（1902年）第77、78页。），不点名的推荐袁世凯代替毓贤。这个意见，无疑是一个触发剂，正符合西太后、荣禄早已存在罢毓任袁的想法。12月6日，任命袁世凯署理山东巡抚。

袁世凯调陛巡抚，一是由于屡上条呈，并且言之成理，得到西太后、荣禄的赏识；二是他的精锐部队已经进驻山东；三是毓贤无能，不能稳住局势。因此，清廷和列强都看中他，西太后、荣禄的决定是主要因素，美国公使的意见只是起了促进作用。