中亚地区:西辽末世政治日趋黑暗，国力逐渐衰弱，花刺子模获得独立后征服中亚和伊朗的大部分领土、塞尔柱帝国完全解体，中亚的霸主为西辽和花刺子模。如日中天的蒙古汗国进军中亚，先后攻灭西辽和花刺子模，此后中亚进入蒙古人统治的时代。进入元朝以后，察合台汗国分裂为东西两部，互相争战不息，进入中亚定居的蒙古人被突厥同化，与东察合台蒙古人互相鄙视敌对。帖木儿在乱世中发迹，建立庞大的帖木儿帝国，112年后被昔班尼重建的乌兹别克汗国攻灭。

西辽和蒙古在中亚400年的统治，虽未能改变中亚的宗教信仰，但其军事政治制度都被继承下来，以至于成吉思汗的后裔长期被尊为唯一合法的统治者。蒙古统治的积极方面是使东西方交通大开，经济文化交流畅达。中原地区又如同唐朝时一样，成为中国中原王朝的属地。只是到了明朝末年，才又被游牧部落的分裂割据，使丝绸之路成为畏途。

金帐汗国从14世纪后半期起急剧瓦解，经过100年后完全崩溃。从伏尔加河以东到西西伯利亚低地一带的所谓白帐，这时已经完全独立出来,后来变成哈萨克汗国。金帐汗国南部的花剌子模，被帖木儿朝所并。金帐汗国西南部出现一个克里木汗国，伏尔加河的中下游出现喀山汗国与阿斯特拉罕汗国。明朝中期俄罗斯的莫斯科公国摆脱金帐汗国而独立，先后吞并白帐（喀山汗国）、蓝帐（阿斯特拉罕汗国）、西伯利亚（密失儿汗国）三个汗国，西与欧洲争霸，东向中亚扩张侵略。

蒙兀儿斯坦的察合台后裔，在歪思汗与1428年死后，其子羽奴思汗与也先不花分裂、各据一方。在帖木儿后王速檀。阿合马死后，蒙兀儿斯坦内战频仍、混乱不堪，再也为实现统一。柯尔克孜人和哈萨克人则在蒙兀儿斯坦汗国的废墟上强大起来。从此，部落领袖各自称王。作为部落的基层的氏族公社，则过着闭塞的生活，很少与外界发生联系。这种经济上和政治上的分散性，正是金帐汗国及其他游牧国家分裂和衰落的原因。而帖木儿及其后王的进攻，又加速了这种衰落。15世纪后半期的中亚史，基本上是以昔班尼汗为首的乌兹别克人南下驱逐帖木儿后王的历史。

16世纪后，海上丝绸之路兴盛起来，中亚诸国无可挽回的衰败下去。在此期间，封建割据的小国，在宗教狂热的迷误下，征战不息，盗匪横行、交通阻遏、丝路难行。科学遭到激烈反对，经济为之萧条，政教完全合一，历史车轮倒开。与此鲜明对照的是，西欧诸国却进入了资本主义萌芽的时期，纷纷向西出海，寻求来东方的商路。生产力的发展导致科学技术的进步，西欧的宗教改革，新航道的发现和殖民地的开拓等等，都导致财富的增加、原始资本的积累和资本主义强国的出现。中亚各伊斯兰王朝昔日的繁荣成了令人怀想的记忆。

新疆地区:西辽亡国之前，1212年高昌回鹘王国和伊犁的哈刺鲁先后归附于成吉思汗。蒙古军大败西辽军，追杀屈出律于塔里木盆地，天山南麓、喀什、叶儿羌、于阗诸城依次皆归属蒙古，唐末以后新疆各地纷争割据的局面结束，为元、明两朝和成吉思汗后代统治西域打下了基础。

蒙古西征以及元明时期大规模移民西域屯垦，随军而来的大量女真人、契丹人、汉人、西夏人落居于天山南北各地，推进了西域屯田事业的发展和生产技术交流。草原丝绸之路得到大规模的拓展。东西交通的发展是蒙古、元朝最为显著的贡献。

东察合台汗王后裔赛依德建立叶儿羌汗国，历史长达200年期间，维吾尔族文学艺术有重大发展。《拉失德史》弥补了汉文史料中新疆和中亚历史的不足，王妃阿曼尼莎和乐师兼诗人玉素甫·柯迪尔汇编的16部乐章《木卡姆》留传下来余12部，至今依然是中亚和新疆民族文学艺术的珍宝。《阿凡提的故事》则是察合台汗国时期民间文学的代表作。中国三大民族史诗中的两部史诗-----------《玛纳斯》和《江格尔》，分别代表柯尔克孜族和蒙古族古代文学的巅峰。

成吉思汗的孙子蒙哥汗时期，在别失八里[吉木萨尔]和阿力麻里设立行尚书省，这是我国最早建立的行省。元代近百年历史中，新疆地区一直受到元朝中央的重视，把它置于和内地其他行省同样的地位。

元明交替期间，统治天山南北的蒙古贵族察合台汗的后裔分裂割据，不相统属，相互争斗。明朝统一中原后，这些政权愈见衰落。哈密最先归顺明朝，由此建立哈密卫；不久，哈密以北的瓦刺 [后来的厄鲁特]首领也顺明入贡，请求封爵，得封顺宁王等。此后，于阗、喀什噶尔等各地的王也向明朝纳贡，均由明朝册封。

11世纪初，喀喇汗朝对于天的圣战取得胜利，伊斯兰教在于阗取代了佛教，然而在北方，信仰佛教的西周回鹘王国领地的库车以东的阿斯兰王对喀喇汗朝的扩张进行了坚决抵抗，致使伊斯兰教室里长期未能越过库车一线。14世纪后，元朝势力退出天山南北地区，同时，察合台汗国的统治者，自秃黑鲁贴木儿汗于1322年皈依伊斯兰教起，成为清一色的穆斯林，到贺则尔汗时期，汗国全部国务活动都涂上了浓厚的宗教色彩。

从十世纪开始的伊斯兰教的东传，无论是维吾尔族的历史上，还是在西域的历史上及整个伊斯兰教的历史上都长生了深远影响。一方面，阿拉伯文化和波斯文化通过伊斯兰教的传播不断传入西域，使西域各个国家固有的文化增添了新的内容和光彩，同时，伊斯兰教的传播有效的促进了西域民族的大融合；另一方面，伊斯兰教的所谓圣战使西域人民的生产、生活遭受极大损失，而且额由于宗教的偏见，又要使历史悠久的、一致居于统治地位的佛教文化和艺术遭到了毁灭性打击和破坏，特别是维吾尔民族的绘画、泥塑、雕刻等造型艺术出现了一个长达数百年之久的空白。

中亚居民国属变化:

十五世纪中亚各地的大多数居民是突厥人和塔吉克人。所谓突厥人泛指当时操突厥语的各个民族，包括察合台人、乌兹别克人、蒙兀儿人、哈萨克人柯尔克孜人等；所谓塔吉克人，是指操伊朗语的民族，他们是古代雅利安人的后裔，而非一般人说的“大食人”；除了尚未信奉伊斯兰教的柯尔克孜人以外，他们都统称或自称为穆斯林。当时并没有严格的把突厥人区分为各个不同的民族。乌兹别克人同哈萨克人这时在经济生活上和人种成分上都没有什么差别。乌兹别克人和哈萨克人原来都是金帐汗国的臣民，有许多部落如乌孙、克烈、乃蛮、钦察、札剌亦儿、契丹、葛逻禄、畏兀儿、弘吉剌等，同鉴于这两个民族之中。近代的各个民族当时还没有形成，但已经有了形成这些民族的雏形。

蒙古西征中亚，统治新疆至元明时期，西域新增大批女真人、契丹人、汉人、西夏人。哈刺鲁人是葛逻禄的后代。隋唐时代的回纥、回鹘至元明时期称为畏兀儿，后称维吾尔。

回回人为中亚突厥语族诸民族部落，波斯人和阿拉伯人及其后代。

柯尔克孜人从16世纪以后陆续迁入费尔干纳地区，准噶尔人称柯尔克孜人为布鲁特人。