1938年，黄到武汉活动争取释放张学良将军不果，经周恩来介绍，准备以中共特别党员的身份到延安组建新东北军，不幸被国民党方面扣押，从此开始了十年的拘禁生活。

据推测，黄的被扣押，与东北军内部斗争也有很大关系。黄是张学良最为亲信的少壮派军官，长城抗战后，张学良深感老东北军将领各顾妻子，腐化老朽，已经不堪改造，因此大力提拔少壮派军官。黄显声就是其中的典型。然而，这种做法明显侵犯了占据高位的老牌将领的利益。张学良被扣以后，东北军上层并非都尽全力营救，而是在蒋介石的拉打之下分裂，自相残杀，可说与此有关。失去了张学良支持的黄显声，也成为这些老牌将领的眼中钉。正是因为看到这一点，蒋才毫不犹豫地扣留了这位著名的抗日将领，他确信这不会影响他对于东北军的使用。（蒋介石深恨黄显声，因为从事后的情报得知，西安事变中，黄显声是张学良最主要的助手之一，而且态度强硬明朗）

在被扣押的十年时间里（最初还给会武术的将军戴着镣铐，怕他逃跑），黄显声从不屈服，坦然自若。他在一封信中写道“我现在虽然坐牢，但并没有犯法，是为团体、为国家、为义气而坐牢，问心无愧，将来生死存亡在所不计。”

只有在反复读一句诗时，将军常常痛哭失声。

这句诗就是陆游的“报国欲死无战场”

写到此处，忽然想起了陆游的另一首诗

早岁哪知世事艰中原北望气如山

楼船夜雪瓜洲渡 铁马秋风大散关

塞上长城空自许 镜中衰鬓已先斑

出师一表真名世 千载谁堪伯仲间

道济见收，脱帻投地曰:“乃复坏汝万里之长城！”

有一种说法，讲东北军旧部和共产党方面（例如黄的秘书刘澜波）都曾努力争取让黄显声将军越狱，看守的特务也为将军人格所感，多同情于他。但营救为将军所拒绝。

这是有一定真实性的说法，因为黄显声将军一直认为自己被抓是莫须有的罪名，作为一个堂堂正正的军人，要堂堂正正地走出牢房（推测他期待和张学良将军一起获释，故有“为义气”的说法。）同时，将军也知道自己逃走将连累很多难友，因此一度拒绝了营救。但是，在1949年，看清国民党方面已经不可能给他公平的释放，将军实际上同意过接受外面的营救，只是，为了能够同时营救好友，张学良将军的副官李英毅，黄显声将军希望营救的时间推后，在重庆即将易手的时候进行，以便乘乱多救一些人。

按照刘澜波的安排，当时，渣滓洞看守宋惠宽已经成为营救的内线，他答应在时机合适时，于半夜时候把黄显声将军和李英毅副官以及一切可以带出来的人带到白公馆后面的山坡上，由负责营救的夏在汶开着汽车在那里等着，把将军等人带走。刘澜波并叮嘱一旦出现有政治犯被杀，则不顾将军的反对，将他单人救走。

但是，意料不到的是，保密局布置的对政治犯的大屠杀，第一个被杀的，就是黄显声将军。1949年11月27日，按照毛人凤的密令，黄显声将军被军统特务杨进兴执行秘密枪决，杀害于红岩步云桥，李英毅与将军同难。

黄显声将军牢房中的日历牌，永远停在1949年11月27日，在它的上方，是抗日战争胜利纪念碑的图案

将军之死还有一点传奇的色彩。

在息烽监狱，黄显声将军曾经凭借精湛的医术救活了一名被控参加学运被捕的福建女大学生黄彤光。随着此后的接触，黄彤光爱上了这位气宇轩昂，儒雅不屈的将军。1944年出狱后，黄彤光一面全力寻找路线营救将军出狱，一面通过看守中的内线与将军鸿雁传书，甚至寻机相会。两人终于定下终身，将军答应只要能够出狱，愿与黄彤光结为连理。两人成为极其特殊的“狱中恋人”。

在定情时，黄彤光交给将军一张红纸，请将军将来用它包结婚戒指来娶自己（因为将军是由同情他的看守带出来的，回去时不能带其他的东西）。

闻知将军遇害，黄彤光和夏在汶等人，5天后到红岩山上含泪寻找将军的遗体，但尽管随行的解放军官兵帮助百般搜索，都没有找到。

就在这时，突然，在一块新土中，露出一小片红纸，黄彤光一眼认出，这正是她给黄显声将军的那张包戒指用的红纸。黄彤光立刻跪了下来。

将军的遗体，就在这片新土的下面。

88岁的黄彤光女士，在几十年后回忆起来，用这样的词句描述将军的埋骨之地–“那片红纸在风中痛苦地摇着头，很鲜艳。”