王室内讧令帝国覆灭

此时的印加仍在抵抗。第二个傀儡印加王曼科?卡帕克二世逃出库斯科，在北方的比尔卡班巴建都，继续和西班牙人作战，曼科战死后，他的臣民先后扶立他的三个儿子即位。1572年，西班牙任命的总督托雷多借口使臣被杀，派兵进攻比尔卡班巴，最后一位印加王、还是少年的图帕克?阿马鲁弃城逃亡，最终兵败被俘。

西班牙人是以不屠杀、不连坐的许诺欺骗阿马鲁自投罗网的，但他的5名部下随即被处死，愤怒的阿马鲁在当年9月21日被押送到库斯科游街示众，却表现出不屈的气质，不但引来印加人的朝拜和拥护，甚至令许多西班牙人暗生同情，一些教士和军官建议总督将阿马鲁送到西班牙，但惟恐民变的总督却当即下令，在库斯科中央广场把阿马鲁斩首。临刑的阿马鲁镇定地说出最后一句话“大地之母，请见证吧，我的敌人是怎样让双手沾满我的鲜血”，1.5万印加人和数百名西班牙人都觉惨不忍睹。事后竟有西班牙人以“擅杀”为由向西班牙国王投诉总督，托雷多因此被捕，死于狱中。

印加的失败有很多原因。皮萨罗的装备也并不先进，虽然带有火枪但每分钟只能放一两枪，以100多人对抗几万印加军队，原本绝无胜算。但印加人从未见过马，首次交战，几千印加军面对20多名西班牙骑兵，一名骑兵因过度紧张自己掉下马，竟吓得印加军全部溃散。由于既不会使用车辆也不会使用马匹，印加人空有四通八达的公路、驿站，却不能用来迅速机动，反倒让皮萨罗的人马一路得到良好补给，轻松抵达库斯科城下。更严重的问题在内部。印加王室内部也因财产纠葛而内讧不休。长期的内战让印加人口减少了几百万，更令不少部族离心离德，皮萨罗正是因此得以长驱直入。

西班牙人对印加实行了残暴的统治。他们杀死几乎所有祭司，强行推行天主教。由于祭司是印加唯一的知识分子阶层，这一屠杀导致大量印加史料和文明失传。他们还大量毁灭印加建筑、木乃伊和陵墓，搜刮财物，导致许多珍贵的文明遗迹被毁。更严重的是，他们带来了可怕的疾病，如天花、麻疹，毫无抵抗力的印第安人因此大批死亡，据历史记载，西班牙人抵达后半个世纪内，印加核心区域的人口竟从700万下降到不足50万。

残酷的压榨令印加人继续反抗，1780年，印加皇族后裔孔多尔坎基自称图帕克?阿马鲁二世，宣布重建印加，一度围攻库斯科，兵败后被五马分尸；1822年，印加人的后裔又参加了席卷南美的独立运动，1824年12月9日，来自拉美各国的起义军在名将苏克雷率领下，大破西班牙军于印加故地、秘鲁的阿亚库巧，这次战役被称为“独立奠基之战”，印加亡国之耻得到洗雪。

印加帝国覆灭后，父亲是西班牙总督、母亲是印加公主的诗人加尔西拉索?德拉维加上书西班牙王室，认为是西班牙对印加的毁灭让这里“从有序变成无序，从文明变成野蛮”。如今印加人仍恪守着昔日的许多传统。在印加故地秘鲁，克丘亚语被作为官方语言广泛使用，这也是唯一被用作官方语言的印第安方言；印加王的后裔每年仍会盛装祭祀太阳；在消失后又偶然被发现的、印加人最后的城池马丘比丘，每天都有来自世界各地的人凭吊这被殖民者粗暴打碎的璀璨文明。