甲子，谕：『旧辅钱龙锡背公逞私，密谋主款；袁崇焕疏语已露，终不奏闻。并不重罚，何以惩后！命法司拟罪』。逮至，论死。【《崇祯实录》崇祯三年八月】

此两案在崇祯朝本来是定案，但清乾隆时期却发生了变故。乾隆钦定的《明史》里有“反间计”的记载，于是“袁崇焕案”便又有了新的解读。《明史》中的记载如下：

○时所入隘口乃蓟辽总理刘策所辖，而崇焕甫闻变即千里赴救，自谓有功无罪。然都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵。朝士因前通和议，诬其引敌胁和，将为城下之盟。帝颇闻之，不能无惑。会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。十二月朔再召对，遂缚下诏狱。大寿在旁，战栗失措，出即拥兵叛归。大寿尝有罪，孙承宗欲杀之，爱其才，密令崇焕救解。大寿以故德崇焕，惧并诛遂叛。帝取崇焕狱中手书，往召大寿，乃归命。

方崇焕在朝，尝与大学士钱龙锡语，微及欲杀毛文龙状。及崇焕欲成和议，龙锡尝移书止之。龙锡故主定逆案，魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷辈谋兴大狱，为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪。捷首疏力攻，褷、弘勋继之，必欲并诛龙锡。法司坐崇焕谋叛，龙锡亦论死。三年八月，遂磔崇焕于市，兄弟妻子流三千里，籍其家。崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之。

崇焕既缚，大寿溃而去。武经略满桂以趣战急，与大清兵战，竟死，去缚崇焕时甫半月。初，崇焕妄杀文龙，至是帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。【《明史》列传第一百四十七，《明史袁崇焕传》】

清编纂的《明史》对“袁崇焕案”有了颠覆性的解读，袁崇焕不仅是因为崇祯中了反间计而被误杀，而且还和钱龙锡一起被阉党陷害，按照《明史》的叙述，冤杀袁崇焕以后，明朝就面临了“边事益无人，明亡征决矣”的尴尬境地。清乾隆四十九年(1784年)，乾隆特意下诏为袁崇焕平反，《清高宗实录》有如下记载：

○袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。

至此，“袁崇焕案”在清乾隆时期彻底翻案，袁崇焕被指控的“托付不效”变成了“但尚能忠于所事”，“谋款不战”变成了“会我大清设间……帝信之不疑”，“纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散”变成了“千里赴救，自谓有功无罪”，“谋款则斩帅”变成了“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。

整个案情可谓来了个惊天大逆转。于是，袁崇焕由误国的罪臣变成了蒙冤的忠良。在这番逆转之后，崇祯成为了中反间计而误杀忠良的昏君，明朝整个朝廷也因阉党复仇陷害忠良成了奸党当道，完全符合了“主暗政昏”的评价，这样的解读不免流露出几分王朝更替的气象，使后来的“帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”之结果显得很顺理成章。