5月13日，中共中央、国务院在人民大会堂隆重召开大会，欢迎我国驻南联盟工作人员。李鹏主持会议。江泽民发表讲话。朱锫基宣读《中共中央、国务院关于对我国驻南斯拉夫联盟共和国大使馆工作人员和驻南新闻工作者给予表彰的决定》，宣布邵云环、许杏虎、朱颖为革命烈士。江泽民在讲话中指出：我们要继续坚定不移地坚持以经济建设为中心，继续坚定不移地推进改革开放，继续坚定不移地保持社会稳定，继续坚定不移地贯彻执行独立自主的和平外交政策。　　

江泽民总书记在欢迎我驻南斯拉夫工作人员大会上的重要讲话，在全国各地引起了极大反响。5月14日，应美国总统克林顿的要求，江泽民与克林顿通电话。江泽民重申我政府严正立场。克林顿再次表示“由衷的道歉”，并表示保证查清事件发生的原因，尽快让中国人民了解事实真相。他将尽最大努力处理好这场“悲剧”，使两国关系恢复正常发展。

5月14日晚，联合国安理会召开正式会议，就北约袭击中国驻南斯拉夫使馆通过了主席声明。在通过这一声明之前，安理会全体成员以及参加会议的所有其他国家代表全体起立，为在北约袭击中国驻南使馆中的三位死难者默哀。声明对中国驻南使馆遭到北约轰炸所造成的严重人员伤亡和财产损失深表悲痛和关注。声明说，安理会谨对中国政府和受害者家属表示最深切的同情和慰问。声明指出，安理会对轰炸事件深表遗憾。安理会重申《联合国宪章》和公认的国际准则，在任何情况下都必须尊重外交人员和房舍不容侵犯的原则。安理会强调，必须对北约轰炸中国驻南使馆事件进行全面、彻底的调查，而且等待调查结果。

6月16日，美国特使、副国务卿皮克林在北京向中国政府报告了美国政府对北约袭击中国驻南大使馆事件的调查结果。

美方的调查结果称，中国驻南联盟大使馆被炸是一起由美政府一些部门的一系列失误所导致的“悲剧性误炸”事件。美有关部门主要有三个重大失误：第一，目标定位方面的失误。第二，美数据库存在缺陷。第三，审查程序未能纠正上述两项失误。在此情况下，空袭计划进行。格林威治时间5月7日夜21时46分，从密苏里州怀特曼空军基地出发的一架美B一2轰炸机向中国驻南使馆这一错误目标投下5枚全球定位系统制导、全天候、各重2000磅的联合直接攻击弹药(JDAM)。由于是夜间飞行，加之飞行的速度和高度，机组无法看清中国驻南使馆的国旗及其它标志，不可能知道轰炸的是中国驻南使馆。

中方指出，美方迄今对此事件发生原因所作出的解释是难以令人信服的，由此得出的“误炸”结论是中国政府和人民不能接受的。美国政府应该充分认识到美国袭击中国驻南联盟使馆事件的严重性，高度重视中国政府的严正立场和要求，切实进行全面彻底的调查，严惩肇事者，以实际行动向中国政府和人民作出满意的交待。中方指出，美国袭击中国驻南使馆构成美国的国际不法行为。中方要求美国政府承担全部赔偿责任。对中国的人员伤亡和财产损失作出迅速、充分和有效的赔偿。

6月25日，克林顿在华盛顿记者招待会上再次就我使馆被炸表示抱歉，但坚持说是“误炸”。

7月30日，中美达成协议，美国将向中国支付450万美元，作为对北约轰炸中国驻南斯拉夫大使馆中遇难人员家属和受伤人员的赔偿金。中国政府将款项分付三位烈士家属及受伤人员。

12月16日，中美两国政府就美国轰炸中国驻南斯拉夫大使馆的赔偿问题达成协议。根据协议，美国政府将向中国政府支付2800万美元，作为对今年5月美国轰炸中国驻南联盟大使馆所造成的中方财产损失的赔偿。

与美国为首的北约进行的这场斗争，捍卫了中国的主权和尊严，向世界昭示：中国不可欺，中华民族不可辱。这场斗争充分显示了以江泽民为核心的党中央应对重大突发事件、驾驭全局的能力，大大激发了全中国人民特别是青年学生的爱国主义热情，使人们进一步认清了美国霸权主义、强权政治的本质和“人权卫士”的真实面貌。