蒋介石早年日记。(照片由蒋家提供)
马若孟与国民党保持着长期良好关系，而中国问题研究在1980年代后成为美国研究的重心之一。2000年国民党在台湾失去执政权之后，马若孟与另一位研究员蔡玲（其父蔡孟坚曾任国民党政府驻日大使）向胡佛提出保存国民党党史的计划。鉴于郭岱君的学术背景以及国民党政府的任职经历，她很快成为这一计划的工作人选。
“真正了解内情的人都知道这件事情刻不容缓。”郭岱君说，自1894年成立兴中会开始国民党已经有百余年历史，其档案长期在台湾潮湿环境下保存，稍有不慎就会损毁，而胡佛的档案保存技术则是世界先进的。
2004年8月23日，在国民党主席连战及马英九支持下，胡佛研究院与国民党签约达成永久保存微缩档案的协议。“我们希望每年做到25万到35万片微缩胶片，但不一定做得到。”郭岱君表示，胡佛档案馆希望用8年时间做完，她根据目前的进展情况推测可能拖到10年，而国民党整个党史资料预计达400万片之巨，而且还有一些档案（比如罗家伦的资料等）还放在仓库里未及整理和编目。
郭岱君说，目前国民党档案已经制作到1962年，九十余万件，但已经动用了二十几位技术专家，所耗资金已超过百万美元。胡佛作为私立研究机构进行这些工作，全部需要社会捐款，自2004年以来，胡佛档案馆还专门为国民党档案做过多场募款说明会，目前仍在不断努力募款。
国民党档案计划成功展开，胡佛方面深受鼓舞，决定将所有中国有关馆藏资料合并，推出了“近代中国档案收藏及研究计划”，囊括了清末以来所有国民党、中共、北洋、“满铁”等中国近代史料及档案。
胡佛馆藏的20世纪中国史料非常丰富，上半叶多半为国民党资料，几乎涵盖了当时最为重要的历史人物。而美国方面与中国近代史有关的人物的档案也相当全面，比如国父孙中山的军事顾问荷马·李（Homer Lea）将军，早在辛亥革命之前，就帮助孙训练革命军。郭岱君说，当她看到一群中国人在美国的Santa Barbara海滩上绑着绑腿训练的照片时，觉得简直不可思议。孙中山在旧金山与李将军过从甚密，有一份资料叫作《红龙计划》，就是当年一群中美年轻人，一起商议推翻满清政府，后来变成历史事实。荷马·李是斯坦福毕业生，他过世以后，档案通过后人转交给胡佛，其中有与孙中山的很多通信。
此外，孙中山早年的财务顾问杨格、法律顾问林百克，抗战时著名的史迪威将军、后来接替他工作的魏德迈将军、飞虎航空队陈纳德将军等档案都在胡佛，有些人的档案甚至有上百箱之多。
