林则徐在开垦荒地中,都十分重视兴修水利,改善农田灌溉。在吐鲁番,他发现一种被当地人称为“卡井”(坎儿井)的水利设施,看到水在土中穿穴而流,惊叹不已。后来经询问当地群众,才知道这是一种因地制宜、可长期采用、效果良好的地下水利工程。他很快就把这一灌溉方法加以改进:增挖穿井渠,每隔丈余挖一口井,连环导引水田,使井水通流。并推广到新疆各地,使“卡井”有如繁星满天,在伊犁河谷一带到处出现。新疆百姓就把“卡井”称为“林公井”,把水渠称为“林公渠”,以表示对林则徐造福地方的深切怀念和感激。

此外,林则徐在新疆还积极传播纺纱技术。内地人民使用的纺车,很早就传入吐鲁番等产棉地区,但一向不被重视。林则徐认为,像吐鲁番这样的产棉地区,棉多质好,更应该提高棉纺技术,改善纺纱质量。在他的倡导下,各地纷纷采用纺车,使内地的纺纱技术得到比较广泛的推广。当地人民为了纪念林则徐的这一贡献,便把他推广的纺车称为“林公车”。

跑遍新疆的林则徐绘制了很多翔实的边防地图,专门送给钦差大臣左宗棠,为左宗棠后来收复新疆帮了大忙。

到1845年,鸦片战争早已尘埃落定,投降派官员的罪恶真相大白。这时,道光帝终于良心发现,觉得还是林则徐可靠。于是,这年10月28日,道光帝以布彦泰奏陈林则徐在新疆开垦功绩为由下诏,命林则徐回京以四品京堂候补。

至此,经过5年的苦熬,已经61岁的林则徐终于摘掉了“罪臣”的帽子。后来,林则徐又得到朝廷的重用,先后被任命为三品顶戴署理陕甘总督、陕西巡抚、云贵总督,并因制止回、汉冲突有功,被皇上授予“太子太保”头衔,赏戴花翎,重登人臣之极的地位。1850年10月17日,已经告老还乡的林则徐,又被新登基的咸丰皇帝再度起用,派为钦差大臣前往广西镇压天地会起义。但抱病出征的林则徐,未及抵达广西,便于11月22日病死在广东潮州普宁县行馆,终年66岁。