1966年4月，他出任高等军事学院院长，在我军的军事教育战线上，他大力强调我军建设科学化、专业化的发展思路。“文化大革命”中，由于不理会老领导林彪的拉拢，邱会作一伙给他强加了种种莫须有的罪名，对他进行诬蔑、陷害、非法关押。

1977年12月，李聚奎重新落实工作，担任复建的后勤学院政委。他认真落实邓小平“要把教育训练提高到战略地位”等指示，不顾年事已高，深入教学第一线，开展教学改革，从实战出发，从严治校，加强对政治工作的领导，充分发挥政治思想工作的作用。在制定学院教学规划时，有的同志提出“一年就要出人才”。李聚奎一方面肯定了这种积极性，同时在分析了现有师资力量、教学设施设备、人才培养周期等情况后，提出了按教学规律办事，在保证质量的前提下加快人才培养步伐的教学规划，为早出人才、出优秀合格人才奠定了基础。

1981年7月，身体欠佳的李聚奎从领导岗位退下来，担任中央军委顾问。期间，他积极参与军队建设和国防建设的方针、政策和规划的制定工作，“不当不顾不问的‘虚名顾问’”。在86岁高龄时，他仍就军队建设的一些重大问题，亲自向中央军委领导直抒己见，体现了一个共产党员对党、对军队高度负责的态度。1988年7月，一枚沉甸甸的中国人民解放军一级红星功勋荣誉章挂在了他的胸前。

李聚奎逝世后，经中央军委批准的新华社电讯有这样的字句：“李聚奎同志在长达70年的革命生涯中，受到过毛主席、周总理等老一辈党和国家领导人的直接教诲，是一位从农民成长起来的智勇双全的将军，是我军优秀的政治工作领导者和后勤工作领导人。”

李聚奎的一生，对党忠心耿耿，虽几遇逆境，历经坎坷，但党性原则很强，党叫干什么就干什么。红军初创时期，他由红5军调往红6军（后称红3军），先后在3个师任职；北上途中，他由红一方面军调往红四方面军，先后在两个军工作；抗战时期，他先后在三支抗日部队担任领导；开国前后，他由军事工作改做后勤工作，先后在三个单位后勤部门任领导职务；为搞石油，他由部队去地方，又由地方回军队。每次工作变动，他都自觉地把党和人民的利益放在首位，顾全大局，不讲个人名利得失，能上能下，愉快地服从党的决定。

李聚奎长期在军队和地方担任重要领导职务，从不居功自傲。他清正廉洁，节操高尚，数十年如一日。李聚奎常说，有毒的东西不能吃，违法的事情不能做。在工作岗位上，他这样要求自己，退居二线后，他仍以此不断勉励鞭策自己。在他80岁那年，他还给自己写下这样一段“座右铭”：“纵然给我再多的权力，也不去以权谋私；纵然给我再多的荣誉，也不忘记艰苦奋斗；纵然让我再活80岁，也不停止革命。”他一生中，除了1959年因病到青岛疗养过一次外，以后再没有外出疗养，许多人对此不理解，他却说：“我身体挺好，用不着疗养，把疗养指标留给其他需要疗养的同志。”

李聚奎对子女的要求也很严格，他经常告诫他们继承和发扬革命传统，艰苦奋斗，做有益于人民的人。在子女的上学、就业、晋升、调动等问题上，李聚奎也从不说话，至今5个子女都在基层工作。他在病重期间，想到了要为子女留下点什么，便抱病抄录了5份《三大纪律八项注意》，作为他的“遗产”分送给子女，勉励他们自尊、自强、自立、自律，遵纪守法，接好革命的班。