周恩来负责向狂热的红卫兵解释党的路线，不断提醒他们注意中央委员会制定的各种规定。例如：不能围攻和骚扰各个机关，因为他们有工作要做。他告诉他们写大字报时要谨慎，因为其中的一些大字报把国家机密弄得举世皆知：在出版一些非官方版本的毛主席语录时也应谨慎，因为这些出版物可能会篡改毛泽东思想；对阶级敌人的攻击应该是有限度的；他还试图阻止红卫兵扩大他们的攻击目标。

努力控制运动的越轨行为，减少其危害，医治它所造成的创伤，这是周恩来在“文革”中选择的道路。周恩来耐心地坚持自己的立场，在这个过程中，大批在“文革”中遇到麻烦的无辜的人以及有用的制度被挽救下来。

他付出的代价是不得不赞同毛主义者的纲领，并与取代被害者的那些凶手们一起在公开场合露面。为此，一些西方人从未原谅他，但是大多数中国人却牢记孔夫子的一句话：获罪于天，无所祷也。更多的人欣赏由于周恩来的老练，说到底，也由于其责任在肩和更为险峻的处境所产生的结果。“文革”结束后，复出的邓小平曾经评价说，周恩来有时被迫做一些违心的事，是为了减少“文革”所造成的损失。

由于那些有经验的高级行政与技术官员被狂热的红卫兵拉去批斗，进行人格侮辱、殴打甚至关押起来，政府部门逐渐瘫痪了。经过几个月的白热化的革命之后，国务院的工作人员只剩下七分之一的人在工作。周恩来最后伤感地说：“只有财政部长李先念被留下来帮我。”

当时住在中国的两个外国人精确地描述了周恩来的活动：成百万的中国人相信他是这个巨大的国家里唯一能够解决他们难题的人——无数的人指望他了解他们的个人困难，指望他回答他们那些诉苦的信件，或答应为他们的孩子——在华北游荡的红卫兵搞到被子。

我不入苦海谁入苦海

1969年4月，中国共产党第九次全国代表大会召开。这次会议解决了文革后政治上的人事安排问题。这是一次奇怪的大会。林彪在会上愁容满面，坐立不安，周恩来也露出一副不常见的生气模样，只有毛泽东仍然像以往一样谈笑风生。

由他们所组成的三驾马车显然出现了毛病。周恩来被选为大会秘书长，并在新选出的五人政治局里排名第三，排在“文革”中的风云人物陈伯达和康生之上。修改后的党章把林彪指定为毛泽东的接班人，周恩来对这一显然不合理的条例没有提出异议。据说他曾经告诉他的追随者：“不要过多地讨论这个问题，让它通过吧。”