当陶成章、章炳麟大肆攻击之际，孙中山正在伦敦。10月22日，他致函在布鲁塞尔的同盟会员王子匡，指出这是革命前途的大不幸，对于联络华侨“大有阻碍”。同时，又致函主办《新世纪》的吴稚晖，要求吴为长文一篇，为公道之评判。

陶、章对孙中山的无理攻击激起了革命党人的义愤。东京方面，黄兴等决定不和章炳麟计较，只在即将续刊的《民报》上登一启事，宣布章为“神经症 ”之人。他要孙中山“海量涵之”，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒”。为了给孙中山赴美活动扫除障碍，黄兴又发函美洲，指出有人从东京发函攻击孙中山，“用心险毒，殊为可愤”，要求美洲同志乘孙中山到美机会，同心协力，共谋团体进步。安南方面，中国革命党人发表《河内公函》，详述发动云南、广西起义的情况，针对陶成章的诽谤，一一予以驳斥。南洋方面，革命党人焚毁了陶、章散发的印刷品，并派人调查，发现孙中山在九龙的家除几间旧房外，别无所有；孙眉自己盖了草房子在那里种地。于是，将调查实情公布，真相大白。

由于双方日益对立，加上刘师培通敌叛变所造成的复杂情况，东京的革命党人未经冷静分析即公布了章炳麟致刘师培、何震六函，指责章炳麟为端方的侦探。11月下旬，《中国日报》发表《章炳麟与刘光汉之关系历史》及《为章炳麟叛党事答复投书诸君》二文，指责章炳麟为“两截人物”，是“中国革命党之罪人”，“东京《民报》之罪人”。12月，孙中山得悉保皇派报纸发表了章炳麟的《伪＜民报＞检举状》，认为章炳麟“破坏党事，已不留余地”，要求吴稚晖将刘师培“发露太炎同谋通奸之笔迹照片”寄给他。同月21日，吴稚晖在信中向孙中山表示，要将章炳麟的“行为心术，详为发覆”。在此前后，新加坡《中兴日报》、香港《公益报》、巴黎《新世纪》、美国《少年中国晨报》先后发表了章炳麟致刘师培、何震的几封信和其他答辩文章。这样，关系就无可挽回地恶化了。

陶成章初到东京时就对章炳麟说:“逸仙难与图事。吾辈主张光复，本在江上，事亦在同盟会先，曷分设光复会？”章炳麟表示同意。 1910年2月，光复会总部成立于东京。章炳麟任会长，陶成章任副会长；在南洋设行总部，代行东京本部职权，李燮和、沈钧业、魏兰为办事人员。3月10 日，章炳麟、陶成章在东京发刊《教育今语杂志》，宣称以“保存国故，振兴学艺，提倡平民教育为宗旨”。

后期光复会反对孙中山的武装起义路线，讥为“东放一把火，西散一盘沙”，说是“丧民费财，祸莫大焉，一有不慎，必引外国人之干涉，后事益难着手矣”。它提倡经商以积聚款项，又提倡教育和暗杀，声称“专主个人运动，以教育为根本”，“实事求是，以图渐进”。陶成章甚至想入非非，计划在北京开设妓院，以美人诱惑满清贵族，席间下毒，一网打尽。这一时期，他虽然还怀着“排满”的总目的，但在进行方针上，却已经和改良派相差无几了。

1911年初，陶成章因感到在东京“实在难以过日”，写信给李燮和，表示愿到南洋找一个寺院寄居，多著几部历史、地理教科书。4月，陶成章重到爪哇泗水。与陶成章等重建光复会的同时，孙中山也在着手改组同盟会。

1909年冬，他在到达美国后复函张继，声称:“所云重新组织团体，弟在南洋已自行之，是以南洋之组织与东京同盟会不为同物。”又说:“（东京）同盟会及太炎至今未自认过，则弟已不承为彼等之总理者久矣。前去两年，两广、云南之起兵，皆奉革命党本部之名义，并未一用同盟会名义也。 ”1910年2月，他在旧金山建立同盟会分会，改十六字纲领为“废灭鞑虏清朝，创立中华民国，实行民生主义”，盟书中的“中国同盟会会员”也改为 “中华革命党党员”。同年秋，孙中山抵达槟榔屿，通知南洋各地同盟会分会一律照改。1911年春，美洲《少年中国晨报》发表《中华革命党三民主义》一文，将这一变动公之于世，声称:“中华革命党总机关虽设在外洋，而党事之发达尤以内地各省为最盛。”但是，同盟会已在群众中留下了深刻的影响，“中华革命党”的名称始终没有传播开来。

光复、同盟两会之间的矛盾纠缠最久，一直延续到辛亥革命以后。它严重地损害了革命党人的威信，分散和瓦解了革命的力量。