1957年7月，韩先楚从南京军事学院毕业。同年9月，中央军委任命韩先楚为福州军区司令员，同时担任军区党委第一书记。此前，毛泽东主持会议说，对于英、美两国阻碍中东人民的解放事业，“不能仅限于道义上的支持，而且要有实际行动的支援”。会议最终决定对金门、马祖地区的国民党军实行军事打击，这就是后来常说的“炮击金门”。韩先楚是“炮击金门”的最高指挥员。

当然，对于“炮击金门”，不仅是打炮的问题，作为前线司令员的韩先楚，需要贯彻中央军委的指示和斗争策略。因为，这不仅仅要对付台湾的国民党，而且涉及到对美国的政治斗争。因此，韩先楚到福建后，带领兵种指挥员和机关参谋人员，走遍了福建沿海的重要战略要地，研究制订出了福州军区防御计划和“炮击金门”的具体方案。

1962年，台湾国民党当局趁大陆遭受严重自然灾害之机，叫嚣“自己的行动不受美国的制约，独立反攻大陆”。韩先楚分析说：“这是他们自己往脸上贴金，如台风一样，一阵子就会过去。但他们如果利用金马防卫部队和海匪，趁夜间袭扰沿海前线，打一下就走的战术，则不得不防。”

不出韩先楚所料，国民党军果真采取不断派小股武装部队，袭扰福建前线。但韩先楚早就让部队做好了准备。自1962年到1973年，福州军区部队在韩先楚的指挥下，在东南沿海共歼国民党军小股武装部队和特务90余次，计1000余人。

在福建，韩先楚除了指挥部队防御台湾的“台风式”小股袭扰外，还有一项艰苦任务，就是抗击自然灾害的真台风。每年夏秋季节，福建沿海都会来那么几次台风。台风灾害对人民生命财产和经济社会发展全局产生重大影响。韩先楚要求部队健全各级应急救援预案，连队也要有抗台风抢险救灾的预案。因谋事在先，每次台风来临时，福建部队为地方抢险救灾，把灾情造成的损失降到最低，得到了老百姓的赞誉。

韩先楚在福州军区任司令员期间，比战台风还厉害的事是组织修改军队战斗条例时，其中有一节内容是“保存自己，消灭敌人”，韩先楚让秘书把自己的建议写上：“把消灭敌人放到前面，保存自己放在后面。”

秘书有些犹豫，悄悄地说：“首长，‘保存自己，消灭敌人’这是毛主席的原话。”

韩先楚说：“我们打仗只有积极消灭敌人，才能有效保存自己，有时还要主动牺牲自己去换取消灭敌人的胜利。你写上，有问题我负责！”