1954年的一份总统委员会绝密报告中，
要求中央情报局成为秘密政治和准军事组织。
它要比敌人的同类组织更加有效，
必要的时候还要更加残忍。
--大国情报（二）
“9·11”之后，中情局陷入了“黑暗面”。他们开始发挥世界警察作用，全球的秘密监狱成了他们最常打交道的场所。
虽然从1995年开始，中情局就已经盯上了恐怖分子本·拉登，但数次追捕行动全都徒劳无功。在2001年8月，中情局又一次给总统提交了“拉登决意攻打美国”的简报，但最新的情报竟然来自1999年。像之前很多次只言片语和情报噪声一样，总统看过之后就放心去度假了。
2001年9月11日，19名基地组织恐怖分子劫持4架民航客机，冲撞纽约世贸中心双塔在内的多个建筑物，造成2749人死亡。
“9·11”事件被撞击的纽约世贸中心双塔。
9月17日，小布什向中情局发出长达14页的最高机密指令，命令中情局追踪、逮捕、拘禁并讯问全球各地的嫌疑分子，而且没有定下任何限制。
中情局官员及其聘用人员可以利用刑讯等手段进行审讯，也有中情局约聘人员因殴打阿富汗嫌疑分子致死而被定罪。时任副总统切尼说，中情局已经陷入了“黑暗面”。
当然，中情局早前就曾经营秘密审讯中心，但小布什还授权将绑架的嫌疑分子交给外国情报机关审讯和刑讯，利用他们所取得的口供。于是中情局开始发挥世界警察的作用，把好几百名嫌疑分子丢到阿富汗、泰国、波兰秘密监狱，以及美国设在古巴的关塔那摩军事监狱，另外数百人犯则交给埃及、巴基斯坦、约旦和叙利亚情报机关审问。
然而中情局的暴力倾向引发了不少诉讼，也给美国带来非常负面的印象。有阿富汗农夫被中情局约聘人员殴打致死，造成阿富汗人对美国的严重不信任。而中情局罗马站站长等二十几名情报官，也因为绑架传教士遭到起诉，也有一个加拿大公民度假时遭中情局逮捕，并转送叙利亚经历10个月最残忍的审讯。总之，这一秘密监狱制度广受各方谴责。
2014年12月，美国参议院情报委员会公布了中情局“酷刑逼供”调查报告，报告详细描述了剥夺睡眠、水刑等极端审讯手段。其中一些手段远远超过经当时总统小布什批准的手段。
报告还指出，中情局“误导”美国民众，隐瞒严刑逼供的真相。而中情局通过这样的方式获得的情报没有破获任何威胁。
美国总统奥巴马说，中情局使用的方法并不符合美国的价值观。中情局承认在执行中出现错误，但他们辩称：“这一计划中获得的情报对我们了解基地组织非常关键，而且一直继续为我们的反恐行动提供情报。”
虽然要在全世界开展行动，但根据中情局历史研究者蒂姆·韦纳的观察，中情局官员很少能读说汉语、韩语、阿拉伯语、印度语、乌尔都语或者波斯语。直到现在，中情局仍然以安全为由，不愿聘用有亲戚在中东的阿拉伯裔美国人。
比如盖茨在1992年担任中情局局长时，想聘用一位在阿塞拜疆长大的美国公民，盖茨回忆：“他的阿塞拜疆话说的很溜，但英文不太好，结果就因为英文考试不及格而吃了闭门羹。我得知后气得快发疯。我说：‘这儿有好几千人会说英文，却没有一个人会说阿塞拜疆语，瞧你们干了什么好事。’”
中情局前法律顾问曾说过：“谍报人员必须懂得如何运用欺骗、操纵和不正当手段来完成使命。”
渗透和政变应该是中情局最为臭名昭著的手段。从1953年的伊朗政变到1956年未遂的叙利亚政变，从洋相百出的“反卡斯特罗计划”（中情局对卡斯特罗进行了638次暗杀，无一成功）到1974年介入智利政变。1986年，中情局颠覆尼加拉瓜桑地诺政权不成，反而导致“伊朗门”丑闻曝光（美国用对伊朗的秘密军售回扣用以支持尼加拉瓜的渗透和颠覆活动，但地下售武行动开始后约一年，一架南方空运公司的运输机在尼加拉瓜上空被桑地诺派政府军击落，飞机上的美制武器暴露，唯一幸存的押运员供认受雇于中央情报局，就此颠覆活动和伊朗门事件同时被曝光）。
“伊朗门”丑闻曝光导致里根政府陷入危机。
前美国国务院官员曾表示，仅在里根政府时期，美国在中情局和其局长威廉·卡西的指挥下实施了58场秘密行动。
到了90年代冷战结束后，中情局虽然不必再和苏联争夺势力范围，但还是针对一些国家积极策划政变。比如中情局近东科长就曾经花两年时间规划支持反萨达姆军事政变的事宜。
准备的细节是这样的——在约旦，一组中情局官员与伊拉克特种部队前指挥官会晤，在伦敦，中情局领导伊拉克反抗军和复兴党的阿拉维密探，并提供他经费和枪械。在伊拉克北部，中情局开始笼络无国籍的库尔德人领袖。在这项任务上，中情局投入了数百万美元，想尽方法吸收萨达姆的军政要员，希望他们能揭竿而起。
可惜这些计划都遭到萨达姆间谍的渗透和破坏，1996年，萨达姆在巴格达内外逮捕200余名官员，起码80人遭到处决。
政变失败后，美国众议院情报委员会幕僚长感叹道：“萨达姆案很有意思，没错，我们要扳倒他，这是好事，但我们找谁来接手呢？我们在伊拉克有什么人？我们拱上台的人可能都会坐不安稳。……这是原本就不该启动的行动。”
除去这次未遂政变外，中情局还被怀疑曾经操纵委内瑞拉政局，并与去年的土耳其政变有着密切关系。
但随着各国警惕性的提高，中情局传统的渗透手段慢慢失效。目前的报道多指，中情局人员往往充当“颜色革命”的前锋，从事颠覆他国政权的行动。
(侯逸超 凤凰大参考主笔)
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