世界卫生组织表示，当前媒体和公众对甲型H1N1流感疫苗的安全性存在一些顾虑，各国政府应确保疫苗审批过程严格，不因时间紧迫而降低安全或质量控制。

在甲型H1N1流感疫苗可能於九月份正式问世之际，世卫组织6号表示，尽管时间紧迫，但各国政府应尽力确保疫苗审批过程的质量控制，同时在接种疫苗之後严密监测其安全性和效果。

世卫组织指出，疫苗是大流感期间最重要的卫生干预手段之一，但要使其发挥最大作用，必须使人们快速大量的获得大流感疫苗，自2007年起，世卫组织就开始与各国卫生部门官员、监管机构和疫苗生产商合作，就缩短大流感病毒出现，到安全有效疫苗问世之间的时间差，进行了研究与探讨，并详细制定了确保疫苗质量、安全性和有效性的谨慎措施。

不过在大流感爆发时，由於疫苗使用规模很大，难免会出现罕见的特殊安全问题，世卫组织表示，由於甲型流感是新式病毒，在最初开始接种最新研发的疫苗时，临床数据十分有限。世卫组织建议所有将使用大流感疫苗的国家，严密监测其安全性和效果，并及时与国际社会分享数据和信息。