王金平家乡的高雄县议会议长许福森、副议长陆淑美发起“清小人拼团结”联署行动，国民党8个县市正副议长参加联署，要求撤换吴敦义、廖风德；南部基层王系干将扬言要发动25万人联署，拥戴王金平独立参选2008年的台湾地区领导人。为平息内斗，马英九、吴伯雄与连战紧急灭火、斡旋、调停。王金平借此展示了实力，大大了巩固其“不分区立委第一名”的地位，王系人马得胜。但王仍不想放过吴、廖，一再呼吁向国民党高层调整人事以便胜选。马则回应，目前已经是新人新气象。吴伯雄也表示，既挺王金平也挺吴敦义、廖风德。有马、吴撑腰，吴敦义、廖风德可以放宽心，继续做正副秘书长。9月2日，国民党内斗的6名重要当事人吴伯雄、王金平、吴敦义、廖风德、许福森、陆淑美一同出席国民党高雄县小组长授证典礼，大伙握手言欢，齐声合唱“我们都是一家人”，内斗算是正式落幕。

本来，有别于陈水扁抢着对谢长廷下“指导棋”，并亲自跳上竞选第一线，在国民党修改党章党纲及推出“返联公投”时，连战虽然心里很不舒服，不过都未有公开批评指责，但10月底中常会通过“去统化”的年度工作计划后，连战终于无法忍耐，先是透过其办公室主任丁远超发表谈话，后是连战自己发布了“新闻稿”，表达强烈不满。至于亲民党虽然并未四出恶言，但也作出忠告，提醒马英九可能会未蒙其利先受其害。其党主席宋楚瑜11月14日还是忍不住当着吴伯雄及上百位媒体记者的面，明确表示反对国民党推动的“返联公投”，差点让吴下不了台。而“九二共识”提法的创造者、马英九最重要的“国家安全”幕僚苏起，也是一阵错愕。

接着，国民党为了不分区提名而出现激烈争执，尤其马萧核心幕僚詹启贤意外中箭落马更引发非议。而且落在安全名单外的中常委姚江临竟获排名第7的高票—162票，显见许多国民党高层委员均不愿为这份名单担保。主席吴伯雄为了不分区“立委”名单“心力交瘁”，但仍饱受外界抨击。首先，党内不分区提名没有以票选方式摆平党内分歧，权力全数集中在党主席一人，各方游说、送礼、暗中盘算，乃至于威胁等流言，自然会汇聚于党主席身上，难以展现与时俱进展现改革气象；其次，安全名单内几乎清一色安插现任“立委”，完全不考量应有的代表性。最后，更令人惊讶的是，像詹启贤这样学历阅历俱佳、社会形象良好、医界人脉丰沛、在南台湾具有影响力的清新人选，竟然会中箭落马，输给那么多因选区协调而上榜的“立委”。国民党硬在最后时刻把詹启贤拉下马，明显凸显了问题背后还有问题。国民党籍“立委”李显荣在名单公布后，11月10日烧毁持有的41年的党证，宣布退出国民党。面对党内外的质疑，吴伯雄出面以一句“就算是神仙来安排也没辄，责任我一肩扛”挡了下来，但国民党所谓的党内民主也因此大开倒车，回到过去最为社会诟病的“家父长制”时代。执政权还没拿到，国民党又再度上演起“内斗内行”老戏码。

从2000年开始，每次“大选”时，“深蓝”人士对泛蓝候选人，总有不同忧虑。2000年担心李登辉势力是否会延续；2004年质疑民进党搞选举舞弊；到了2008年大选，“深蓝”忧心的，却是马英九的“统独立场”。“深蓝”群众担心马英九是否会“变节”，主要是从一些政治议题的态度所衍生。例如国民党的年度中心任务，一度删除“国统纲领”及“九二共识”；马英九和国民党相继推动“返联公投”，以及马英九拜访基层的大部分时间，都花在中南部基层、本土选民身上等等。因此，争取“深蓝”的认可，加强与泛蓝的合作和联系，也是不可忽视的问题。众所周知，马英九在台北市长任期内，处理3·19枪击案群众抗议事件、红衫军上街反贪倒扁事件，曾招致橘军的抱怨和愤恨，甚至影响往后蓝军的团结。但“立法院”通过《公职人员选举罢免法》后，为泛蓝的融合创造新的机会。该法为“不分区及侨选立委”的政党参选条件设下了较高的“门槛”，台联党、新党等小党原来寄望“第二张票”的计划宣布流产。

国民党充分考量了亲民党以及新党的存在。新党实质上已经完成了回归国民党的过程，亲民党团队中的主要人物回归趋势，已迫使宋楚瑜作出了两党合并的决断。在“区域立委”选举中，亲民党经与国民党协商，推出几位强将披挂国民党战袍参选。而且在“不分区选举”中，国民党已经早早修正提名办法，纳入“礼让亲民党条款”，让国民党与亲民党协商敲定后的不分区“立委”提名人可以不需经过国民党中央委员会同意权行使，让亲民党人士自然而然代表国民党参选。去年11月2日，亲民党主席宋楚瑜返台，在和国民党主席吴伯雄会晤后，双方同意礼让亲民党3席不分区席次。其中，两席将排入安全名单，一席排在安全名单边缘，吴宋会为催生国民党不分区“立委”，注入一剂强心针。国亲初步敲定不分区“立委”席次，更为国亲明年“立委”选后合并计划又大大向前迈出一大步。一旦国亲在2008“立委”选举过半，就如吴伯雄所说的，国亲合并将是“水到渠成”。至于泛蓝盟友—无盟方面，国民党已经和无盟达成协议，国民党在区域部分全力辅选无盟“立委”，无盟则在政党票及领导人“大选”部分，全力支持国民党，并且不会提出不分区“立委”席次的要求，更是让国民党大大松了一口气。如今正是泛蓝必须大团结的时刻，马英九如何展现智慧，实现国民党内的融合，争取“深蓝”的认同以及与泛蓝化解前嫌，使水乳交融，以期在明春立委及大选中融合为一，发挥群体战力，这是关系马英九当选的重大课题。

2月8日晚国民党主席吴伯雄在中坜老宅举办新春团拜，马英九、王金平两人再度喝交杯酒，第二天晚在高雄老家宴请国民党正副参选人马、萧。一向视为“王马心绪”严重的王金平当天表示，两年前马英九担任国民党主席，现在是国民党提名的参选人，他基于一个党员最基本的素养与责任，一向会服膺、支持马英九。仅从这点看，泛蓝整合已现“西瓜效应”，马英九作为泛蓝共主没有多大的挑战。