台湾在八八水灾积极重建同时，甲型H1N1流感疫情也随之增温，台湾领导人马英九，27号下午特别召开防疫专家谘询会议，研讨政府後续因应对策，会中虽然决定暂不启动“国安”机制，但将拉高防疫准备，要求府院加强联系，因应疫情变化。

下午三点不到，台湾副领导人萧万长，行政院副院长邱正雄，以及前卫生署长陈建仁等人，陆续进入马英九办公室，参加由马英九亲自召开的防疫专家谘询会议，会中，这些防疫专家，针对是否立刻启动国安机制防堵甲型H1N1流感疫情，出现激烈争辩，其中陈建仁力主启动国安机制，藉此让民众感受到政府的防疫决心，但现任卫生署长杨志良则持反对意见，讨论三个多小时，最後，马英九做出裁示：“暂不启动国安机制。”

马英九也表示，台湾官方将成立专案小组，让府院双方以及防疫系统的联系沟通更紧密。

对於马英九坚持不启动国安机制防疫，民进党相当不满，决定於廿八号，找来前朝政务官，同样召开防疫谘询会议，提供具体建言给马政府参考，显示甲型H1N1流感防疫工作，俨然成了蓝绿新一波角力战场。

凤凰卫视颜嘉璐台北报导