国民党中常会通过“2008年度中心任务”，在两岸政策部分除去“国统纲领”字眼；知情人士透露，草稿提出时，确实列入“国统纲领”等文字，但中常会前夕，马营幕僚参与讨论，认为文字有商榷空间，党内高层重启讨论，决定删除。

据台湾《联合报》报道，国民党“总统”参选人马英九竞选办公室核心幕僚强调，这是国民党中常会的决策，马英九未参与，但马英九会尊重党中央。

马营核心幕僚说，其实，“国统纲领”十分务实，界定了两岸统一的短、中、长程目标，但时程可操之在我；尽管“国统纲领”没有问题，可是国民党不想让民进党有机会大做文章，“我们现在要选举耶！”

国民党高层表示，国民党明年度的中心任务，“内容更务实，讲法更灵活，不让统独争议模糊了民生经济焦点。”他指出，民进党已经终止“国统纲领”，若国民党的中心任务仍保留“国统纲领”字眼，民进党一定会穷追猛打，在统独问题上蓝绿牵扯不清，会让国民党无法凸显经济战场。