海关总署署长：牟新生

国家税务总局局长：肖　捷（2007年8月30日任命）

国家工商行政管理总局局长：周伯华（2006年10月任命）

国家质量监督检验检疫总局局长：李长江

国家环境保护总局局长：周生贤（2005年12月任命）

国家核安全局局长：李干杰（2007年1月任命）（国家环境保护总局对外保留国家核安全局牌子）

中国民用航空总局代局长：李家祥（2008年1月任）

国家广播电影电视总局局长：王太华（2004年12月任命）

国家新闻出版总署 署长（国家版权局局长）：柳斌杰（2007年4月任命）

国家体育总局局长：刘  鹏（2004年12月任命）

国家安全生产监督管理总局局长：李毅中（2005年2月任命）

（2005年2月， 国务院决定将原来的国家安全生产监督管理局调整为国家安全生产监督管理总局，规格为正部级，为国务院直属机构；同时单设国家煤矿安全监察局，为副部级机构，作为国家安全生产监督管理总局管理的国家局。）

国家统计局局长：谢伏瞻（2006年10月任命）

国家林业局局长：贾治邦（2005年12月任命）

国家食品药品监督管理局局长：邵明立（2005年6月任命）

国家知识产权局局长：田力普（2005年6月任命）

国家旅游局局长：邵琪伟（2005年3月任命）

国家宗教事务局局长：叶小文

国务院参事室 主任：崔占福

国务院机关事务管理局局长：焦焕成

中国国家预防腐败局 局长：马　馼（兼）（2007年9月任命）

（ 国家预防腐败局于2007年9月13日宣布成立）