回国十年之后，路甬祥调任中国科学院副院长，并在1997年，正式执掌中科院，成为当时最年轻的科学院院长。1997年，亚洲金融危机来袭，亚洲“四小龙”瞬间遭遇重创，惊动了当时正在一隅努力打造“世界工厂”的中国。对于这场危机，中国经济界有诸多分析，有的将危机的缘由归为金融体系的不完善，有的则认为产业结构不能够太雷同。路甬祥带领的中科院也有自己的思考。

路甬祥：我们考虑啊，觉得产业结构雷同啊，可能这是一个时代的产物，因为这个工业化时代，主要是制造业领先嘛，一个国家只靠制造的这个转移，只靠廉价劳动的生产，以后要长期维持竞争力是很困难，但是实际上欧美，日本等逐步都已在进行变革了，所以我们写的报告的名字就叫《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》，认为这对中国这样有十几亿人口的大国来说是至关重要的

1998年春，中科院提交的《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》战略研究报告，被摆到了中央领导的案头，当时的国家主席江泽民在报告上作了一个很长的批示。

路甬祥：江主席在春节期间，就作了一个很长的批示，认为科学院有一支队伍，有些想法，可以支持他们先走一步，真正搞出自己的创新体系来，我记得有一个尾巴说是，当时因为温家宝同志是在国务院办公厅书记处，当书记处联系科教线的，他说请温家宝同志找路甬祥同志谈一次

对那段时间发生的事情，路甬祥记忆犹新。他告诉我说，后来与温家宝的那一次谈话中，温家宝建议中科院搞一个面向未来的知识创新工程提纲，并具体讲了八条要求，例如说，应该要分析形势，分析科学院的战略定位是什么，工作的重点是什么等等，甚至一些经费等方面的条件，也说可以提。而那之后不久，路甬祥果真就有了一次直接向高层领导提建议的机会。

路甬祥：后来朱总理当时也见了一次，朱总理一开头就说你科学院不能光搞短平快，你得要搞像国家长远的战略性的事，那我跟朱总理说，你这个话我非常之赞成啊，但是现在人均1.2万（元）的经费，它怎么能不去搞短平快？因为1.2万（元）真是开掉工资，解决好社会保险、医疗保险就所剩无己了。那朱总理很敏锐了，说，那你的意思就是要加钱了，我说当然是啊。

路甬祥：后来还有一个插曲，当时还问，说你看提高到多少会比较能做战略性工作了呢？我说这样吧，就美国科学家拿到一块美金，中国科学家能不能给他一块人民币，我们就有信心跟他们PK，他说这个好啊，有个比例啊，他说美国科学家大概拿多少呢，拿到的科研经费人均大概是多少，我说大概12万到15万一年，当时就是这么个数，欧洲大概是10万到12万的样子，要低一点，那他说就按照这个基本框架考虑吧，来做吧，所以我体会到，中央的领导人啊，一个是他们很民主，听各方面的意见，只要意见是正确的，他们就采纳，另外一个他们对科技的理解，对创新的知识是真心实意的。

1998年，支持中科院先走一步、开展知识创新工程试点的布局全面铺开。知识创新工程当中，“百人计划”成了受益者。这个“百人计划”，其实是早在1994年中科院就已经启动的人才引进和培养工程，计划在20世纪的最后几年里，以每人200万人民币的资助力度，吸引并且培养百余名的优秀青年学术带头人。起初，专案的经费完全是来自中科院自己的科学事业费，因而，推动起来捉襟见肘。从1998年开始，财政部为“百人计划”提供了每年2亿元人民币的专项资金。有了这一个助力，“百人计划”的目标就再也不是“百人”，而是“千人”了。

路甬祥：我记得北京的遗传发育所，当时的所长是现在的副院长李家洋，现在他也是院士了，他很真心诚意的吸引人才，因为新所是没有建起来，老所是比较陈旧又很分散，一部分实验室还是在板房里边，居然吸引了好几位很优秀的人才回来，而且他们还到国内其它的大学研究机构，条件，表观条件更好一点的地方去看了，结果还选择了遗传发育所，他认为遗传发育所的氛围好，团队合作好，另外遗传发育所研究工作很前沿。所以我不太赞成只用高薪来吸引人才，因为用高薪啊，高了还有更高嘛。

依托“百人计划”，中科院已经从海内外引入了大量科学家，并且效果卓著。2003年，在英国参观卡文迪许实验室时，发生的一件小事，让路甬祥又有了新的感悟。

被称为是“世界物理学发源地”的剑桥大学卡文迪许实验室，从1871年至今，已经培养了20多位诺贝尔物理学奖的获得者。1953年，实验室的科学家沃森和克里克共同提出DNA分子的双螺旋结构，标志着生物科学的发展进入了分子生物学阶段，“生命之谜”被打开。

路甬祥：我到过（剑桥大学）卡文迪许实验室，他那个模型就是用自行车的钢丝作键的，然后呢一个一个球、经络球打了孔这么连接起来手工做出来的，问卡文迪许实验室主任，说当时克里克和沃森这个研究团队你们给了他多少钱，那个主任也很坦诚，说，那个已经过去很多年我现在也不知道了，中午是有一位80几岁的诺贝尔奖金获得者，他是同时代的人，你可以问问他，中午那个老先生来了，这个我就问他同样的问题，他思考了一下说，大概就是65英镑左右吧，65英镑左右，他说只不过那个时候，我们的实验室主任，我们大家都相信，这个构建双螺旋结构DNA分子模型，已经是接近了，已经是时候了，所以呢，把学物理的，学化学的，学生物的科学家，年轻科学家找在一起，让他们能够自由研究，这个结果他们就突破了，当然呢，他说也要感谢那个牛津大学，这个提供了，提供了一些X光，这个影像照片了，给他们可能有些启发。这些都说明啊，它的科学家的思维也是多样性的，所以我们科学院提倡的不是从外面要很多大师来，我们要把科学院这块土壤要能够已形成中，这块土壤里能够成长很多大师，能够成长很多领先人才的这块土壤。我觉得这个价值，比外面来移植几个大师不知道要高千万倍，这是我坚信不疑的。