1996年，马英九被迫转任为"行政院政务委员"的虚职。
1998年，时任"行政院长"的萧万长为马英九助选造势。
1997年，连战"内阁"尤其是马英九饱受白案等政治风雨，马英九提出“辞官退选”声明，取得政治大学法律系副教授教职，并表示以后专心教育，不涉足政事。
当时马已被国民党内公认为是唯一有希望击败寻求连任的陈水扁的强棒，但马英九多达两百余次声明不参与台北市长选举。直到1998年，经多人劝进与其父马鹤凌的劝说，马终于同意代表国民党参加"台北市市长"选举。
