英阿两国对马岛主权的争议，有着复杂的历史背景，也经历了漫长而曲折的斗争。争议的焦点是，谁先发现和有效占领这些群岛。根据现有文字记载，英国“幸福号”船船长约翰·斯特朗于1690年发现两主岛之间的海峡，并以当时英国海军司令福克兰子爵的名字把它命名为“福克兰海峡”，而且首次登上该岛。后来，英国便称该群岛为“福克兰群岛”。

十八世纪初，许多法国人陆续到过该岛，并将它命名为“马洛于内群岛”。此名源于法国探险队在法国的起点港口圣马洛，后来的西班牙名称“马尔维纳斯群岛”亦出于此。

1764年，法国航海家路易·安东·德布甘维尔海军上将率领的探险队，首次在东岛建立了一个定居地，称为路易斯港。

1765年，以约翰·拜伦为首的英国探险队登上西岛，建立了名为埃格蒙特港的定居地，并升起英国国旗，声称该岛归属英王。

1766年，在海上称霸的西班牙人插足马岛。他们宣称，按照1493年教皇划定的分界线，这些岛屿位于西班牙的管辖范围之内，理应归西班牙所有。同年10月3日，法国人以24，000英磅的代价把东岛卖给了西班牙。1770年，西班牙军队以武力赶走了西岛的英国人。1771年，按西、英两国达成的协议，英国人回到了西岛，重新驻扎在埃格蒙特港，但西班牙声称保留其主权。1774年，英国以节省军费为理由，主动撤走了西岛驻军。

1806年，西班牙向拿破仑投降，英国乘机打击西班牙的势力，占领了布宜诺斯艾利斯。但是，英国既未向马岛派遣驻军，也没有委任总督；观岛处于无政府状态达十多年之久。

1810年，布宜诺斯艾利斯地区人民起义，成立了拉普拉塔临时政府。1816年，“拉普拉塔联合省”正式宣布独立，并声明继承西班牙对马岛的主权。1820年11月，戴维·朱厄特海军上校在索莱达港把阿根廷国旗插在要塞顶上。并宣布行使从西班牙继承来的主权。自1823年起由巴勃罗·阿雷瓜蒂任总督。

1829年，英国致函阿外交部长，声明马岛归英所有。

1833年1月2日，英国由约翰·詹姆斯·翁斯洛舰长率领“史诗女神”号护卫舰开进东岛的索莱达港；第二天，升起英国国旗，宣布奉命行使英对马岛的主权。阿驻马岛的海军中校何塞·玛丽亚·皮内多总督及其50名士兵被迫撤回布宜诺艾利斯。此后，马岛长期为英所占，但阿根廷从未放弃其主权要求，多次对英的占领提出异议，至今已达一个半世纪。

英国生物学家达尔文乘海军勘探船“贝格尔”号作历时5年（1831年—1836年）的环球旅行时，到过马岛。他是第一个到那块领地访问的名人，因此东岛有个“达尔文港”。

1948年，阿根廷和智利向马岛海域派驻海军，英国对此抗议。10年后，即1958年，这个问题提到联合国。

1964年，阿一名飞行员驾机到马岛着陆，升起了阿国旗。同年，联合国非殖民化特别委员会开始审议马岛问题。审议后，建议由特委会邀请两国政府举行谈判，以求和平解决争端。

1965年，联大第一次审议马岛问题。阿强调马岛是西班牙殖民体系的天然组成部分，应根据反殖宣言中确认的领土完整原则将马岛归还阿。英则坚持其对马岛的主权，强调居民自决权。大会最后通过了敦促阿英立即进行谈判、和平解决问题的决议。从1966年—1976年间，多届联大都作出了类似的协议或决议。

1966年阿根廷18名青年劫持一架飞机在马岛着陆，要求归还马岛。1971年英阿签署协定，英同意逐步把岛上居民并入阿根廷，以解决岛民的身份证问题，使他们可以在阿各地通行和接受高等教育。1972年阿在离阿根廷港5公里处修建了机场，班机定期往来。